macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

mVISTAでゲノムを比較する

mVISTAはJGIから提供されているメガベースのゲノム比較を行い、その結果を可視化するパッケージ。webサーバー版があり簡単に実行することが可能である。内部ではAVIDやLAGANが動作している。

 

公式ページ

VISTA tools - enome.lbl.gov

about VISTA

About mVISTA

 

webサーバー

mVISTA Input

 

 

比較したい配列の数を指定する。ここではH.Pyloriの3つのゲノムを比較する(ragoutでexampleデータとして使われているゲノム)。

 

3を入力。次へ

f:id:kazumaxneo:20171201105729p:plain

 

3つのゲノムのFASTAファイルを指定する。

f:id:kazumaxneo:20171201105851p:plain

メールアドレスを記入してsubmit。

 

しばらくすると解析結果が指定したメールドアレスに送られてくる。

メールにあるリンクを開く。

f:id:kazumaxneo:20171201105959p:plain

 

右端のPDFレポートを確認する。

f:id:kazumaxneo:20171201110128p:plain

メガベースのゲノムだとページに収まりきらないため、複数ページにまたがって表示されている(上は5'末端の200kb)。

 

左端の VISTA-Pointを選択。

f:id:kazumaxneo:20171201110539p:plain

この写真はリファレンス1との比較をしている。上半分がリファンレンス2、下半分がリファレンス3である。

windowサイズを自由に調節して比較することができる。

赤い領域をマウスで囲んで拡大。

f:id:kazumaxneo:20171201110900p:plain

 

 

ローカル版もjavaで提供されているが、JAVAのバージョンが古いためなのか動作しなかった(JAVA 8環境でテスト)。

 

関連ツールとして、サンガーリードとゲノムを比較するgVISTAや、転写因子結合サイトを予測するrVISTAなどがある(リンク)。

 

 

引用

VISTA: computational tools for comparative genomics.

Frazer KA1, Pachter L, Poliakov A, Rubin EM, Dubchak I.

Nucleic Acids Res. 2004 Jul 1;32(Web Server issue):W273-9.

 

VISTA : visualizing global DNA sequence alignments of arbitrary length.

Mayor C1, Brudno M, Schwartz JR, Poliakov A, Rubin EM, Frazer KA, Pachter LS, Dubchak I.

Bioinformatics. 2000 Nov;16(11):1046-7.