macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

fastqのクオリティスコアをASCII +64からASCII +33に変換する。

 

BBtoolsのreformat.shを使えば、ASCII+64でクオリティスコアを計算しているfastqをASCII+33に変換することができる。

 

シングルリード

reformat.sh in=input.fq out=output_phred33.fq qin=64 qout=33 

ペアリード

reformat.sh in1=input1.fq in2=input2.fq out1=output1.fq out2=output2.fq qin=64 qout=33

 

BBtoolsで確認する。 

testformat.sh in=output1.fq

>illumina (Q+64)

user$ testformat.sh in=input1.fastq 

illumina fastq raw single-ended 100bp

>sanger (Q+33)

user$ testformat.sh in=phred33_R1.fq 

sanger fastq raw single-ended 100bp

 

 

BBtoolsは以前紹介しています。

 

引用

Biostars

https://www.biostars.org/p/63225/