macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

HybPiperで指定した遺伝子のエンリッチメントを行う

HybPiperは系統解析などを行うために遺伝子領域のエンリッチメントを行うことができるツール。NGSのリードを出発点として、準備した遺伝子配列セット(bait)にリードをアライメントし(BWA, BLAST)、spadesで個別にアセンブルを実行する。出力はcDNA配列とその翻訳産物となる。これを系統解析に使用する。またパラログの出力もサポートしている。

 

マニュアル

https://github.com/mossmatters/HybPiper/wiki/Installation

 

インストール

セットアップwiki

https://github.com/mossmatters/HybPiper/wiki/Installation

 

依存

全てbrewとpipでインストールできる。

sudo pip install biopython 
brew install exonerate
brew install bwa
brew install samtools
brew install spades
brew install blast
brew install parallel

GNU parallelは、使用前に以下のように打つ。

parallel --bibtex

 will citeと打ちEnter。

Type: 'will cite' and press enter.

> will cite

これで使用できる。

 

本体 (Github)

https://github.com/mossmatters/HybPiper

git clone https://github.com/mossmatters/HybPiper.git 
cd HybPiper/
./reads_first.py --check-depend #依存ツールのチェック 

usr $ ./reads_first.py --check-depend

HybPiper was called with these arguments:

./reads_first.py --check-depend

 

blastx found at /usr/local/bin/blastx

exonerate found at /usr/local/bin/exonerate

parallel found at /usr/local/bin/parallel

makeblastdb found at /usr/local/bin/makeblastdb

spades.py found at /usr/local/bin/spades.py

bwa found at /Users/kazumaxneo/bwa-0.7.5a/bwa

samtools found at /Users/kazumaxneo/Documents/samtools-1.3.1/samtools

Package Bio successfully loaded!

Everything looks good!

goodと出る。

 

ラン

チュートリアル

https://github.com/mossmatters/HybPiper/wiki

 

はじめにテストデータをランする。

cd test_dataset/ 
./run_tests.sh

 

作成中

 

 

引用

HybPiper: Extracting coding sequence and introns for phylogenetics from high-throughput sequencing reads using target enrichment

Matthew G. Johnson, Elliot M. Gardner, Yang Liu, Rafael Medina, Bernard Goffinet, A. Jonathan Shaw, Nyree J. C. Zerega and Norman J. Wickett

Appl Plant Sci. 2016 Jul; 4(7): apps.1600016.