macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

興味のある遺伝子をメタゲノムやメタトランスクリプトームから抽出するgraftM

gtaftMは指定した遺伝子ファミリーをメタゲノムデータから探し出し、あらかじめ作成した系統樹に配置するためのツール。

 

インストール

依存ツール

  • orfM (straightforwardなORF検出)

https://github.com/wwood/OrfM/releases

ダウンロードしてビルドする。 ./orfm -hで動作確認。パスを通す。

cd orfM/
./configure
make

 

brewで導入できる(リンク)。

 

  • fxtract(シーケンス抽出)
git clone --recursive https://github.com/ctSkennerton/fxtract.git #ファイルサイズ264MB
cd fxtract
make

 

brewで導入できる。

 

ダウンロードしてビルドする。

cd KronaTools-2.7/
sudo ./install.pl

 

  • mafft(マルチプルアライメント)

MAFFT - a multiple sequence alignment program

以前紹介した(リンク)。.pkgからインストールする。

 

  • diamond

https://github.com/bbuchfink/diamond

以前紹介した(リンク)。brewで導入できる。

 

FastTree 2.1: Approximately-Maximum-Likelihood Trees for Large Alignments

brewで導入できる。

 

 

本体

https://github.com/geronimp/graftM

pip install graftm #python2.7

 

#numpyがエラーを吐いたが、sudo -H pip uninstallでアンインストールして、sudo -H pip installで再導入したら直った。

 

 

ラン

 

 

 作成中

 

 

 

 

 

引用

GraftM - How to get fast community profiles from metagenomes