macでインフォマティクス

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NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

ロングリードをpolishする nanocorrect

2018 9/22 タイトル変更

 

nanocorrectはナノポアリードをpolishする方法論。速度が遅いのが欠点らしく、後継としてnaonpolishが発表されている(リンク)。 

  

インストール

依存

全てbrewで導入できる。

Github

 

実行方法

最初にDALIGNERのデータベースを作る。

nanocorrect-overlap INPUT=reads.fasta NAME=nc

 ncは自分が決めた名前である。

全リードをpolishする。

python nanocorrect.py nc all > corrected.fasta

論文では99.5%リファレンスのE.coliの塩基と合致するconitgが得られたと記載されている。 また複数回して精度を上げられる。

 

引用

A complete bacterial genome assembled de novo using only nanopore sequencing data

Nicholas J Loman, Joshua Quick & Jared T Simpson

Nature Methods 12, 733–735 (2015)