2018 9/22 タイトル変更
nanocorrectはナノポアリードをpolishする方法論。速度が遅いのが欠点らしく、後継としてnaonpolishが発表されている(リンク)。
インストール
依存
全てbrewで導入できる。
実行方法
最初にDALIGNERのデータベースを作る。
nanocorrect-overlap INPUT=reads.fasta NAME=nc
ncは自分が決めた名前である。
全リードをpolishする。
python nanocorrect.py nc all > corrected.fasta
論文では99.5%リファレンスのE.coliの塩基と合致するconitgが得られたと記載されている。 また複数回して精度を上げられる。
引用
A complete bacterial genome assembled de novo using only nanopore sequencing data
Nicholas J Loman, Joshua Quick & Jared T Simpson
Nature Methods 12, 733–735 (2015)