MBBCはメタゲノムをbinningする方法論。リード中のk-mer頻度とk-merカバレッジから分類とabundanceの見積もりを行う。2015年に論文が発表された。
マニュアル
http://eecs.ucf.edu/~xiaoman/MBBC/man1V1.html
インストール
ダウンロード
実行方法
GUIバージョンとターミナルで動かすCUIバージョンが提供されている。ここではGUI版の流れを説明する。
exampleデータを解析する。GUI-jarを開く。
左上のopenをクリック
example/paired-end_reads/ba3mg8.fnaを選択（ペアードエンド）。
他のパラメータはdefaultのままにした。
Runボタンをクリックすると解析がスタートする。
数分で解析は終了する。fasta入力ディレクトリにba3mg8.fna_filtered_predictionsが出力される。
xneo$ cat /Users/kazumaxneo/Downloads/MBBC/MBBC_examples/paired-end_reads/ba3mg8.fna_filtered_predictions
Predictions after EM algorithms:
Predicted genome size: 1151747.76 1162868.69
Predicted alpha: 28.55% 71.45%
Predicted lambda: 2.57 6.38
There are 2 species predicted.
Prediction after reads binning:
Predicted genome size: 1049007.03 1204309.40
Predicted alpha: 26.00% 74.00%
Predicted lambda: 2.57 6.38
uesaka-no-MacBook-Air-2:condetri-master kazumaxneo$
ツールに対しての感想
GUI実装されているが、シンプルなインターフェイスなので、アルゴリズムさえ構築されていればjavaのガワの作成は容易に感じる。統合開発環境に慣れた人なら１、２時間くらいで作れるんじゃないだろうか？もう少しこうゆうツールが出てきてもいいように思う。
引用
MBBC: an efficient approach for metagenomic binning based on clustering
Ying Wang, Haiyan Hu, Xiaoman Li
BMC Bioinformatics. 2015; 16: 36.
