macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

メタゲノムデータを種レベルで検出し割合を計算するMOCAT

 

 

公式サイト

f:id:kazumaxneo:20170904104753j:plain

チュートリアル

http://vm-lux.embl.de/~kultima/MOCAT/tutorial.html

ダウンロード

http://vm-lux.embl.de/~kultima/MOCAT/download.html

fetchMGとの違い

Taxonomic profiling using mOTUs

 

インストール

macOSでは動作しない。cent OSに導入した。

公式サイトからダウンロードしたフォルダを解凍して、以下のコマンドを打つ。

cd MOCAT
./setup.MOCAT.pl
source ~/.bash_profile #パスを通す。

 setup.MOCAT.plのインストール中にexampleデータ(3.5GBと2.3GB)のダウンロードなどの選択肢が何度か出る。yes、noで判断して進める。

 

userachのインストール。

USEARCH downloadからlinuxのversion5をダウンロードする。

mv usearch5.2.32_i86linux32 usearch #リネームする。

 

 

 

ラン

MOCAT.pl -sf my.samples -rtf 
MOCAT.pl -sf my.samples -a MOCAT.pl -sf my.samples -gp assembly
MOCAT.pl -sf my.samples -make_gene_catalog -assembly_type assembly
MOCAT.pl -sf my.samples -annotate_gene_catalog
MOCAT.pl -sf my.samples -s my.samples.padded -identity 95
MOCAT.pl -sf my.samples -f my.samples.padded -identity 95
MOCAT.pl -sf my.samples -p my.samples.padded -identity 95 -mode functional MOCAT.pl -sf my.samples -ss

 

作成途中

 

 

引用
MOCAT2: a metagenomic assembly, annotation and profiling framework
Kultima JR, Coelho LP, Forslund K, Huerta-Cepas J, Li SS, Driessen M, Voigt AY, Zeller G, Sunagawa S, Bork P

Bioinformatics. 2016 Aug 15;32(16):2520-3

 
MOCAT: a metagenomics assembly and gene prediction toolkit
Kultima JR1, Sunagawa S, Li J, Chen W, Chen H, Mende DR, Arumugam M, Pan Q, Liu B, Qin J, Wang J, Bork P

PLoS One. 2012;7(10):e47656