macでインフォマティクス

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NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

RNAのクラスタリングを行う GET_HOMOLOGUES-EST

2018 9/27 引用の誤り修正

 

GET_HOMOLOGUES-ESTは似た配列をクラスタリングできるツールで、GET_HOMOLOGUESのforkとして開発された。植物のRNAやcDNAをターゲットにしており、塩基の相同性をBLASTNで調べ、その結果をクラスタリングして出力する。またPan-genome transcriptsの抽出や、ANIの計算結果を行列として出力する機能も備えている。

 

マニュアル

 

インストール

Github

 ダウンロードしたファイルを解凍して中に入る。

cd get_homologues-macosx-20170807/
./install

get_homologues-est.plにパスを通しておく。

 

実行方法

テストデータのラン

./get_homologues-est.pl -d sample_transcripts_fasta
  • -d directory with input FASTA files (.fna , optionally .faa)

 

 

引用

GET_HOMOLOGUES, a Versatile Software Package for Scalable and Robust Microbial Pangenome Analysis

Contreras-Moreira B, Vinuesa P

Appl Environ Microbiol. 2013 Dec;79(24):7696-701

 

http://journal.frontiersin.org/article/10.3389/fpls.2017.00184/full