macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

GET_HOMOLOGUES-ESTによるRNAのクラスタリング

 

GET_HOMOLOGUES-ESTは似た配列をクラスタリングできるツールで、GET_HOMOLOGUESのforkとして開発された。植物のRNAやcDNAをターゲットにしており、塩基の相同性をBLASTNで調べ、その結果をクラスタリングして出力する。またPan-genome transcriptsの抽出や、ANIの計算結果を行列として出力する機能も備えている。

 

 

マニュアル

 

インストール

Github

Releases · eead-csic-compbio/get_homologues · GitHub

 ダウンロードしたファイルを解凍して中に入る。

cd get_homologues-macosx-20170807/
./install

get_homologues-est.plにパスを通しておく。

 

ラン 

テストデータのラン

./get_homologues-est.pl -d sample_transcripts_fasta
  • -d directory with input FASTA files (.fna , optionally .faa)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

引用

GET_HOMOLOGUES, a Versatile Software Package for Scalable and Robust Microbial Pangenome Analysis

Appl Environ Microbiol. 2013 Dec; 79(24): 7696–7701PMCID: PMC3837814

Bruno Contreras-Moreiracorresponding authora,b and Pablo Vinuesacorresponding authorc

 

http://journal.frontiersin.org/article/10.3389/fpls.2017.00184/full