macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

SSU rRNAを素早く検出する Barrnap

2019 3/10 タイトル修正

2019 5/30 インストール方法追記

2020 6/15 コマンド修正, help追記

2020 6/29  例追記

 

BarrnapはrRNAをゲノムから探すツール。

 検索対象

  • bacteria (5S,23S,16S)
  • archaea (5S,5.8S,23S,16S)
  • mitochondria (12S,16S)
  • eukaryotes (5S,5.8S,28S,18S)

 

インストール

本体 Github

#bioconda(link
conda install -c bioconda barrnap

#homebrew
brew install barrnap

barrnap -h

$ barrnap -h

Synopsis:

  barrnap 0.9 - rapid ribosomal RNA prediction

Author:

  Torsten Seemann

Usage:

  barrnap [options] chr.fa

  barrnap [options] < chr.fa

  barrnap [options] - < chr.fa

Options:

  --help            This help

  --version         Print version and exit

  --citation        Print citation for referencing barrnap

  --kingdom [X]     Kingdom: euk mito bac arc (default 'bac')

  --quiet           No screen output (default OFF)

  --threads [N]     Number of threads/cores/CPUs to use (default '1')

  --lencutoff [n.n] Proportional length threshold to label as partial (default '0.8')

  --reject [n.n]    Proportional length threshold to reject prediction (default '0.25')

  --evalue [n.n]    Similarity e-value cut-off (default '1e-06')

  --incseq          Include FASTA _input_ sequences in GFF3 output (default OFF)

  --outseq [X]      Save rRNA hit seqs to this FASTA file (default '')

 

 

ラン

barrnap --threads 8 genome.fa > 16SrRNAs.gff
  • --threads   Number of threads/cores/CPUs to use (default '8')

 default出力はGFF3形式になる。

 

kingdomを指定してラン。eukaryotes指定。

barrnap --kingdom euk --threads 12 input.fa > enk_rRNA.gff
  •  --kingdom    Kingdom: euk mito bac arc (default 'bac')

 

rRNA配列も別出力する。

barrnap --outseq rRNAs.fa --threads 12 input.fa > rRNA.gff

引用

https://github.com/tseemann/barrnap

 

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