macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

rRNAを検出するツール Barrnap

 

BarrnapはrRNAをゲノムから探すツール。

 検索対象

  • bacteria (5S,23S,16S)
  • archaea (5S,5.8S,23S,16S)
  • mitochondria (12S,16S)
  • eukaryotes (5S,5.8S,28S,18S)

 

インストール

本体 Github

brewで導入できる。

brew install barrnap

 

ラン

barrnap genome.fa > output.gff
  • --version Print version and exit
  • --citation Print citation for referencing barrnap
  • --kingdom [X] Kingdom: bac arc mito euk (default 'bac')
  • --quiet No screen output (default OFF)
  • --threads [N] Number of threads/cores/CPUs to use (default '8')
  • --lencutoff [n.n] Proportional length threshold to label as partial (default '0.8')
  • --reject [n.n] Proportional length threshold to reject prediction (default '0.5')
  • --evalue [n.n] Similarity e-value cut-off (default '1e-06')
  • --incseq Include FASTA input sequences in GFF3 output (default OFF)

 

defaultの出力はGFF3形式である。

head output.txt 

##gff-version 3

1 barrnap:0.8 rRNA 16431028 16431142 8.3e-20 + . Name=5S_rRNA;product=5S ribosomal RNA

1 barrnap:0.8 rRNA 16431518 16431625 1e-17 + . Name=5S_rRNA;product=5S ribosomal RNA

1 barrnap:0.8 rRNA 16431992 16432106 1.5e-23 + . Name=5S_rRNA;product=5S ribosomal RNA

1 barrnap:0.8 rRNA 16432473 16432585 3.8e-17 + . Name=5S_rRNA;product=5S ribosomal RNA

1 barrnap:0.8 rRNA 16432957 16433069 1.7e-20 + . Name=5S_rRNA;product=5S ribosomal RNA

1 barrnap:0.8 rRNA 16433441 16433554 1.4e-19 + . Name=5S_rRNA;product=5S ribosomal RNA

1 barrnap:0.8 rRNA 16433918 16434032 3.7e-22 + . Name=5S_rRNA;product=5S ribosomal RNA

2 barrnap:0.8 rRNA 4580 5511 2.5e-84 + . Name=16S_rRNA;product=16S ribosomal RNA (partial);note=aligned only 58 percent of the 16S ribosomal RNA

2 barrnap:0.8 rRNA 6142 9271 5.7e-210 + . Name=23S_rRNA;product=23S ribosomal RNA