RNA-seqのゲノムガイドアセンブリツール StringTie

StringTieはゲノムガイドのRNA アセンブリツール。cufflinksよりアセンブリ精度が高く、解析時間も短いと言われている。2015年にNature Biotechnologyに論文が発表された。

インストール

brewで導入可能。

マニュアル

https://ccb.jhu.edu/software/stringtie/index.shtml?t=manual

ラン

stringtie -p 12 input.bam --fr -G reference.gtf -o output.gtf

-p number of threads (CPUs) to use (default: 1)
-o output path/file name for the assembled transcripts GTF (default: stdout)
-e only estimate the abundance of given reference transcripts (requires -G)
-G reference annotation to use for guiding the assembly process (GTF/GFF3)
--fr assume stranded library fr-secondstrand
--rf assume stranded library fr-firststrand -m minimum assembled transcript length (default: 200)
-t disable trimming of predicted transcripts based on coverage (default: coverage trimming is enabled)
-c minimum reads per bp coverage to consider for transcript assembly (default: 2.5)

他にも多様なオプションがある。

5GBのbamファイルの解析だと１時間くらいで終わります。

2020 1/9追記

引用

StringTie enables improved reconstruction of a transcriptome from RNA-seq reads

Mihaela Pertea Geo M Pertea Corina M Antonescu Tsung-Cheng Chang Joshua T Mendell Steven L Salzberg

Nature Biotechnology 33, 290–295 (2015)