macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

IGVが重い時のtips

 

IGVにbamファイルを読み込むと重くて困ることがある。表示を軽くするためのtipsを書いておく。

 

bamを読み込んでリードが見えるまで拡大した状態。

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view -> Preference

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赤枠部分を以下のように修正。

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リードがダウンサンプリングされ、動作が軽くなった。

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まずvisiblity range threshold (kb) だが、この値はリードが表示されるようになるサイズを規定している。値を小さくすると、メモリーにキャッシュされるリード量が減り動作が高速化する (10kbなら10kb以下の縮尺にならないとリードを読み込まない)。またリードの表示数を調整するため、Downsample readsの項目を"max read count => 1"、"per window size (bases) => 100にして、100bpに1リードの割合までデータ減らして表示している。

ただしリードを減らしすぎるとレアな変異などのイベントが見えなくなってしまう。減らす場合、10リードくらいにとどめておく。

 

max read count を1から10に変更した。

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このようになった。100-bpあたり10リードぐらいあるのが見て取れる。

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このくらいの数ならmacbook airなどのlaptopでも軽快に動作すると思われる。

 

 

そのほか下のオプション設定を追加しても良いかもしれない。

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Filter duplicate readsにチェックをつけると、PCR duplicateと思われるリードが表示されなくなる。Filter secondary alignmentsにチェックをつけると、複数のアライメント部位を持つリードについては、アライメントスコアがベスト以外のアライメントが表示されなくなる。

center lineも必要なければチェックを外して、中央の破線を消している。そのほかshow soft-clipped basesとshow center lineなどのチェックを外している。indel周辺などミスアライメントが補正できなかった部位はミスアライメントが多発しており、そういった部位のリードはsoft-clipしてマッピングされている。soft-clipされたリードの領域を確認したければチェックをつける。

 

おまけ

リードが多すぎて見づらい時は、画面を右クリックしてCollapsedを選ぶとリードが圧縮され見やすくなります。