macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

eukaryotesのアノテーションツール; Augustus

 

Augustusはblast2goでも使われているeukaryotesのアノテーションツール。既存の他の手法と比較しても精度が高い手法と述べられている(検証リンク)。高速なwebサーバー版と、RNA-seqのbamファイルを指定してexon-intron情報を与え、予測精度を上げるlocal版がある。このbamによる支援機能はblast2goにも取り込まれている。

 local版はbinaryのみ提供されている。ただしmac OSXでは動かない。unixマシンやunixサーバーを用意する必要がある。

 

 

webサーバー版

Augustus: job submission

 

local版(breakerとaugustus両方必要)

http://bioinf.uni-greifswald.de/augustus/binaries/

 

ポスター

http://bioinf.uni-greifswald.de/bioinf/publications/pag2015.pdf

 

トレーニング済みゲノム一覧 (README.TXT)

http://bioinf.uni-greifswald.de/augustus/binaries/README.TXT

 近縁なゲノムであれば使えるらしい。例えば哺乳類であればヒトのトレーニングデータを使えると書かれている。

 

bamはtophatなどで作る。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

引用