macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

IGVをコマンドラインから起動する

IGVはいくつかのバージョンが提供されいる。デスクトップにショートカットを作ってjavaのwebスタート版を使っている人もいるかもしれないが、コマンドラインから叩くやり方も知っておくと便利である。

 

まずigvをbrewで導入しておく。igvtoolsも入れておくとよい。

brew install igv
brew install igvtools

 

ファンレスファイルを指定してigvを立ち上げる。

fastaを指定。

igv -g input.fa

-g リファレンス配列の指定

f:id:kazumaxneo:20170705133032j:plain

IGVのウィンドウが出現する。

 

genebankファイルを指定してigvを立ち上げる。

igv -g input.gbk

f:id:kazumaxneo:20170705133144j:plain

終了はIGVのウィンドウを閉じるだけでよい。

 

すでにゲノムが登録してある時。

igv -g <name>

すでにIGVに登録済みのゲノムであれば、登録名でも配列の呼び出しはできる。

例えば、下の様に登録済みの7002という配列を呼び出すとする。

f:id:kazumaxneo:20170705134248j:plain

以下の様に打つ。

igv -g 7002

7002の配列を呼び込んだ状態でigvが起動する。

 

ファンレスとそこから作ったbamファイルを指定してIGVを起動する。

igv -g input.fa sample1.bam

 

複数のbamファイルを指定してIGVを起動する。

igv -g input.fa sample1.bam,sample2.bam,sample3.bam

 

複数のbamファイルとgtfファイルを指定して起動する。

igv -g input.fa sample1.bam,sample2.bam,sample3.bam,input.gtf

 

 複数のbamファイルと変異コール結果のVCFファイルを指定して起動する。

igv -g input.fa gatk.vcf,sample1.bam,sample2.bam,sample3.bam,input.gtf

 

さらにgtfとbedファイルも指定して起動する。

igv -g input.fa sample1.bam,sample2.bam,input.gtf,input.bed

f:id:kazumaxneo:20170705163110j:plain

 gtfとbedの両方の表示は、例えばRNAの解析でfusion transcriptのアノテーションファイルを作り、オリジナルのアノテーションと比較したいときなど便利である。

 

注意点

ファイル間にズレがあったり、ヘッダ名が違うとエラーが起こります。こういった時は、genebankやfastaなど起点となるファイルを決め、そこから全てのファイルを作り出すとズレが起こりにくくなります。ゲノム解析が進んでいる種なら、もう一度全てのデータを同じデータベースからダウンロードしてみましょう。例えばEnsembl plantだと、各種フォーマットを選んでダウンロードできるようになっています。Ensemblのリンクを貼っておきます。

=> Ensembl ftp top

=> Ensembl Plant

=> Ensembl bacteria

plantはGTFやGFF3もダウンロードできるようです。

 

 

IGVが重い場合は以下を参考にしてください。

 

wiggle形式のcoverage trackを追加する流れは以下にまとめています。