macでインフォマティクス

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NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

トランスポゾン検出ツール2 ngs_te_mapper

 

 ショートリードをリファレンスゲノムにアライメントし、de novoでトランスポゾン挿入部位を検出する。論文ではBLATをアライメントに使っていたが、gitでダウンロードできる現バージョンはbwaでアライメントを行うようになっている。トランスポゾン挿入時にトランスポゾン末端に複製されてできるtarget site dupplicationを指標にしてトランスポゾン挿入部位を探すらしい。

 

 依存するもの

  • BWA
  • R

本体はGithubからダウンロードできる。

リンク

 

ダウンロードしたディレクトリにテスト用のシェルスクリプトが含まれている。これをランしてみる。

git clone https://github.com/bergmanlab/ngs_te_mapper.git 
cd ngs_te_mapper
bash sourceCode/run_ngs_te_mapper.sh

 上のシェルスクリプトを実行すると、まずwgetでリファンレス配列とシーケンスデータがダウンロードされ、整形後、ngs_te_mapper.Rが実行される。終わると続いてngs_te_logo.Rが実行される。テストだがかなり重たいデータなので、実行時は環境に注意する。

 

テスト中

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

引用

Transposon Insertion Finder (TIF): a novel program for detection of de novo transpositions of transposable elements.

BMC Bioinformatics. 2014; 15: 71. Published online 2014 Mar 14. doi:  10.1186/1471-2105-15-71

Mariko Nakagome, Elena Solovieva, Akira Takahashi, Hiroshi Yasue, Hirohiko Hirochika, and Akio Miyao

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4004357/