macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

DNA解析ソフト1 Snapgene

SnapGeneはプラスミドやゲノムの解析ソフトである。ビジュアルで見やすく表示する機能に特化しており、制限酵素処理結果を画面で見やすく表示したり、TA cloningやgibson、in fuisionなどの反応結果を表示し設計を支援する機能などを持つ。

 

SnapGeneはアノテーション情報がない遺伝子配列からorfを自動検出してプラスミド図などを描画する機能も持つが、この機能は無償版でも使うことができる。さらに素晴らしいのは、無償版、機能の豊富な有償版ともLinux版、mac版、windows版全て揃っていることである。とりあえずゲノム配列を手に入れたらsnapgeneで確認してみよう、くらいの気軽さで使うことができる。

 

公式サイトからダウンロードできる。

SnapGene | Software for everyday molecular biology

インストールは画面の指示に従っていくだけでできる。

 

 

SnapGeneは、genebankファイルの取り込みに対応している。genebankファイルは、NCBIで遺伝子を見るときのフォーマットである。以下のリンクを開いてgenebankファイルを1つダウンロードしてみよう。

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/?term=cloning+vector

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左端のgenebankを選択。

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配列まで含めて画面全体をコピーする。

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Miなどの軽量なプレーンテキストエディタに貼る。(Mi ダウンロードリンク

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.gbkで保存。

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Snapgeneを指定してgbkファイルを開く。

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環状かどうか聞いてくるので、環状を選択。

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開いた直後の画面。orfがgbkファイルの情報に従い自動認識されている。また制限酵素サイトが自動で表示されている。

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左下のタブ ”シーケンス” を押すと配列に切り替わる。

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左下のタブ ”酵素” を押すと制限酵素の位置が表示される。

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上のタブ”ライン"を押すと切れる場所が縦線で表示される。cut部位の相対的な位置関係を掴みやすい。

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他にも様々な機能を持ち、例えば有償版は、サンガーシーケンスの波形データの読み込みとアライメントにも対応している。いくつか動画を貼っておく。

 

コンストラクトの構築手順。

動画後半では、右下のタブ”履歴” 機能を使いコンストラクトの設計を行っている。

 

アライメント。

SnapGene Software Tutorial Videos | Aligning to a Reference DNA Sequence

下のCCからsubtitleをonにすると説明がつきます。

 

Primer設計と変異導入。


 

アカデミックライセンスなら、1ユーザ345米ドルで購入でき、他の解析ソフトと比べても良心的な金額になっている。まずは無償版で試し、有償版の機能が欲しくなったら、(ボスにお願いして)購入を考えればよい。

有償版と無償版の機能の違い。

SnapGene vs. SnapGene Viewer | Molecular Biology Software

 

引用

SnapGene software (from GSL Biotech; available at snapgene.com)