macでインフォマティクス

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NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

ゲノムの相同性の高い領域の網羅的な検索 MUMmer

 

MUMmerはゲノム全体を高速にアライメントするオープンソースのツールである。MUMmerは、Finisihしたゲノムだけでなくドラフトゲノムでも使用でき、容易に何百あるcontigのアライメントを行うことができる。最初の論文が発表されたのは1999年であるが(ref.1)、現在でもオープンソースのまま開発が続けられており、 間も無くMUMmer4が論文化されるとアナウンスされている。

  

オンラインマニュアル

The MUMmer 3 manual

 

MUMmerは5つのアライメントプログラム(tu-rukaranaru.mummer、nucmer、promer、rum-mummer1、そしてrun-mummer3) が専ら使われている。

インストールはbrewで行なう。

brew install mummer

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

制作途中

 

 

引用------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

Mummer1

1、Alignment of whole genomes

Nucleic Acids Research, 1999, Vol. 27, No. 11 2369–2376

http://mummer.sourceforge.net/MUMmer.pdf

 

Mummer2

2、Fast algorithms for large-scale genome alignment and comparison.

Delcher AL1, Phillippy A, Carlton J, Salzberg SL.

Nucleic Acids Res. 2002 Jun 1;30(11):2478-83.

http://mummer.sourceforge.net/MUMmer2.pdf

 

Mummer3

3、Versatile and open software for comparing large genomes

Stefan Kurtz*, Adam Phillippy†, Arthur L Delcher†, Michael Smoot†‡, Martin Shumway†, Corina Antonescu† and Steven L Salzberg†

Genome Biology 2004, 5:R12

http://mummer.sourceforge.net/MUMmer3.pdf