葉緑体、ミトコンドリアの次は、CCTを使って複数ゲノムを比較するチュートリアルを見ていく（公式ページチュートリアル5）。
CCTのインストールは以下で説明しています。
全体比較は手順が異なる。まずbuild_blast_atlas_all_vs_all.shコマンドを使い、新しいプロジェクトをビルドする。ここではmontage_projectを作る。
build_blast_atlas_all_vs_all.sh -p montage_project
montage_projectディレクトリができる。
Bordetellaクロモソームをcomparison_genomes/にダウンロードする。
fetch_refseq_bacterial_genomes_by_name.sh -n "Bordetella*" --min 1000000 -o montage_project/comparison_genomes/
--min 1000000でゲノムサイズ1Mbp以下を除く。
321ファイルダウンロードされた。
全体比較には再びbuild_blast_atlas_all_vs_all.shを打つ。
build_blast_atlas_all_vs_all.sh -p montage_project
このランは非常に時間がかかる。
エラーになり、最後のモニタージュのデータが出力されるまでランできなかった。修正でき次第投稿します。このページは情報共有のため残しておきます。
チュートリアル６へ
