macでインフォマティクス

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NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

CGView Comparison Toolによるバクテリアのゲノム比較5 - ゲノム比較とモニタージュ合成

 

葉緑体ミトコンドリアの次は、CCTを使って複数ゲノムを比較するチュートリアルを見ていく(公式ページチュートリアル5)

 

CCTのインストールは以下で説明しています。

 

全体比較は手順が異なる。まずbuild_blast_atlas_all_vs_all.shコマンドを使い、新しいプロジェクトをビルドする。ここではmontage_projectを作る。

build_blast_atlas_all_vs_all.sh -p montage_project

montage_projectディレクトリができる。

 

Bordetellaクロモソームをcomparison_genomes/にダウンロードする。

fetch_refseq_bacterial_genomes_by_name.sh -n "Bordetella*" --min 1000000 -o montage_project/comparison_genomes/

--min 1000000でゲノムサイズ1Mbp以下を除く。

321ファイルダウンロードされた。

 

全体比較には再びbuild_blast_atlas_all_vs_all.shを打つ。

build_blast_atlas_all_vs_all.sh -p montage_project

このランは非常に時間がかかる。

 

エラーになり、最後のモニタージュのデータが出力されるまでランできなかった。修正でき次第投稿します。このページは情報共有のため残しておきます。

 

 

 

チュートリアル6へ