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バイオアッセイの改良により、新しいタンパク質間相互作用（PPI）の同定率が大幅に向上し、検出されたヒトPPIの数は、初期のヒト・インタラクトームの推定サイズを大幅に上回っている。これらの新しいPPIは、疾患メカニズムのより完全な見解を提供しているが…
ボルケーノプロットやその他の分析プロット（相関プロット、アップセットプロット、ヒートマップなど）は、トランスクリプトームやプロテオーム解析において重要なデータ可視化方法として機能する。これらのプロットをカスタマイズして作成することは、発現…
2022/05/21 ツイート追記 2023/04/18 論文引用 HPより JBrowseは、JavaScriptとHTML5で作られた高速でフル機能のゲノムブラウザです。Webサイトやアプリに簡単に組み込むことができますが、スタンドアロンのWebページとして提供することも可能です。 version…
遺伝子発現表現型の遺伝子セット解析には、 over-representationアプローチとaggregate scoreアプローチという2つの主要なアプローチがある（Irizarry et al.、2009）。 over-representationアプローチでは、発現データセットから差分発現遺伝子（DEG）群を…
遺伝子発現データの時間経過解析は、ある生物学的メカニズムの時間経過に伴う遺伝子発現の変調パターンを明らかにするのに有利である。例えば、正常者と癌患者のコホートなど、2つの条件間で有意に差のある発現遺伝子（DEG）を検索することは一般的に行われ…
シグナルペプチド（SP）は、すべての生物において、タンパク質の分泌や移動を制御する短いアミノ酸配列である。SPは配列データから予測することができるが、既存のアルゴリズムでは既知のSPの種類を全て検出することはできない。本稿では、5種類のSPをすべて…
ロゴは、分子生物学において、配列の保存パターンをコンパクトなグラフで表現するためによく用いられる。ロゴは、配列アラインメントや隠れマルコフモデルに含まれる情報を、各位置に文字のスタックを描くことで表現する。スタックの高さはその位置の保存度…
2021 12/11 誤字修正 細胞生物学では，研究者は関連する論文を読み，記述されている実験や結果を検討することでウェットな実験を計画する。今日、研究者は実験を計画するために長い時間をかけて文献を調査している。 実験計画を加速するために、本著者らはLE…
シーケンスロゴは、短い配列の保存性やバリエーションを視覚的に表示するために使用される。これにより、DNAやタンパク質の配列の固定パターンや保存されたモチーフを示すことができる。しかし、一般的なシーケンスロゴジェネレーターの多くは、入力されたす…
パスウェイ解析（PA）は、機能的エンリッチメント解析としても知られている（引用）。パスウェイ解析ツールの目的は、ハイスループットテクノロジーから得られたデータを解析し、コントロールと比較してケースサンプルで変化している関連した遺伝子群（特定…
Genomicusは、真核生物の比較ゲノミクスに特化したデータベースおよびウェブサーバである。Genomicusの主な機能は、複数のゲノム間でのゲノムブロックの保存状態をグラフィカルに表現することであり、特定の遺伝子を中心とした局所的な保存状態や、核型比較…
パスウェイ解析はオミックス研究で広く用いられている。パスウェイベースのデータ統合と可視化は、解析の重要な要素である。このニーズに応えるために、本著者らは、Pathviewという新しいRパッケージを開発した。Pathviewは、多種多様な生物学的データを分子…
リボソームプロファイリング（Ribo-seq）は，コドン占有率のプロファイリング，活発に翻訳されているオープンリーディングフレーム（ORF）の同定から，様々な生理学的・実験的条件下での翻訳効率の定量化まで，RNAの翻訳をグローバルにモニタリングする強力…
2023/11/01 URL修正 Circosプロットの作成は、ゲノムデータを視覚化する最も効率的なアプローチの一つである。しかし、Circosプロットを作成するための既存のツールをインストールして使用することは、コーディングの経験がないユーザーにとっては難しい。こ…
miRNA-seq は様々な分野で幅広く使用されているが、その品質管理は PhredScore ベースのフィルターに限定されることが多くなっている。microRNAの収量、推定分解産物（rRNA断片など）の割合、アダプターダイマーの割合など、品質に関連する他の重要な側面は…
2021 11/8 タイトル修正 細胞の生命活動は、生体分子間の複雑な機能的相互作用によって成り立っている。その中でも、タンパク質-タンパク質間の相互作用は、その多様性、特異性、適応性から特に重要である。STRINGデータベースは、物理的相互作用と機能的相…
シアノバクテリアは、広く普及している重要な細菌門であり、地球上の炭素・窒素固定のかなりの部分を担っている。しかし、シアノバクテリアの16S rRNA遺伝子配列の信頼性の高い正確な自動分類は、相反する体系的なフレームワーク、一貫性のない分類学的な定…
EDGARプラットフォームは、何千もの微生物ゲノムの事前計算されたオルソロジーデータのデータベースを提供するウェブサーバーで、比較ゲノミクスおよび系統学の分野で最も確立されたツールの一つである。EDGARは、事前に計算された遺伝子アラインメントに基…
分子生物学研究や臨床現場におけるRNA-sequencing（RNA-seq）の利用は、過去10年間で大幅に増加している。しかし、広く普及しているにもかかわらず、RNA-seqデータを解析・探索するためのシンプルでインタラクティブなツールが不足している。既存のツールの…
必須遺伝子とは、生物が特定の条件下で生存するために必要な遺伝子のことである。バクテリアの最小遺伝子セットの研究では、生命を維持するための基本的な細胞プロセスが解明されている。この5年間、CRISPR/Cas9をさまざまな種類のヒト細胞に適用することに…
2022/05/21 論文引用 K-merは、ゲノム配列解析に使用される短いDNA配列である。K-merを使ったアプリケーションには、ゲノムアセンブリやアラインメントがある。しかし、バイオインフォマティクスの分野でk-merを広く利用するには、ゲノム配列データの巨大化…
公開されているメタゲノムデータに対するアミノ酸配列の類似性検索は、類似配列の環境分布に基づいて、配列の機能に関する洞察をユーザーに提供することができる。しかし、公開されているメタゲノムデータに対して配列の類似性検索を行うには、テラバイト以…
ハイスループット次世代シーケンシング技術の登場とアセンブリアルゴリズムの改良により、膨大なゲノムデータがパブリックドメインに蓄積されるようになった。これらの技術は、大規模な比較ゲノム研究への参入を可能にし、特に種間で保存されたシンテニーブ…
マイクロバイオームの研究には、通常、特定の環境（biomeとして知られている）からの微生物の集合的な遺伝物質の研究が含まれる。この多様で拡大している研究分野（バイオーム、方法、科学的質問の幅の観点から）は、世界の海洋の深海水と堆積物（1〜3）から…
Genome detectiveは、次世代シーケンサーのデータセットから既知の全てのウイルスゲノムを迅速かつ正確にアセンブルする、ウェブベースの使いやすいソフトウェアアプリケーションである。このアプリケーションでは、アセンブルされたFASTA形式のゲノム配列か…
プロモーターのアノテーションは、ゲノムを解析する上で重要な作業である。このタスクの主な課題の一つは、プロモーター領域と遺伝子の転写領域の境界である転写開始点（TSS）の位置を特定することである。TSSは、転写複合体の組み立てを担うDNA配列を特定す…
Helpより phyloTは、NCBI taxonomyまたはGenome Taxonomy Database（GTDb）に基づいて、系統樹を自動的に生成する。NCBI taxonomyは、様々なソースからの系統学的および分類学的知識を取り入れることを試みており、NCBIをソースとして使用しているphyloTが生…
ゲノム構造の複雑さとそのユニークな構造を理解することは、これらの特徴を表現するために使用される視覚化ツールの能力と関連している。このようなツールは、ゲノムコンテンツの現実的でスケーラブルなバージョンを提供することができなければならない。こ…
オンラインツールの監視を容易にするウェブサービスとリポジトリAviatorを紹介する。Aviatorは、ユーザーフレンドリーなWebサイトと、文献調査をベースにした一般的なモジュールと、手動で精査したモジュールの2つのモジュールで構成されている。一般モジュ…
人体の内部または表面に存在する微生物、特に腸内マイクロバイオームは宿主との相互関係の中で生きている。これらの関係は宿主の代謝に重要な貢献をしており、通常、人間の健康には欠かせないものである。腸管のマイクロバイオータ（腸内マイクロバイオータ…
