macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

target assembly

ターゲットアセンブリにより保存されたプラスミド配列を再構成してアノテーションをつける PlasmidID

PlasmidIDはマッピングベースのアセンブリアシストプラスミド同定ツールで、プラスミド同定のための解析とグラフィックソリューションを提供する。 PlasmidIDは、プラスミドデータベースの配列上にイルミナリードをマッピングするBASHで実装された計算パイプ…

オルガネラゲノムをターゲットアセンブリする GetOrganelle

2020 3/9 コメント修正 2020 3/9 誤字修正 2020 3/24 実行例の間違い修正 2020 3/27 コマンド修正 オルガネラには、plastome およびmitogenomeとも呼ばれる、プラスチド(葉緑体および他の形態のプラスチドを含む)とミトコンドリアのゲノムが含まれている。…

ターゲット配列とその近傍領域をアセンブリする mapsembler2

Mapsembler2は、ターゲットを絞ったアセンブリソフトウェアである。Mapsembler2は、入力として任意のNGSのrawリードセットとスターター配列を取り、ユーザーの選択に応じて、そのスターター配列近傍を線形シーケンスまたはグラフとして出力する。 以下のよう…

メタゲノムから16Sなどのターゲットアセンブリを行う MATAM

Preprintより ショットガンのメタゲノムシーケンシングは、未知の微生物の多様性が未知のまま残っている、ヒトの微生物から土壌や海洋のサンプルまで、さまざまな用途で、未培養の微生物サンプルを研究する未曾有の機会を提供する。 メタゲノム研究の主な目…