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2021 10/26 出力について追記 ショートタンデムリピート(STR)はヒトゲノム全体に遍在している。STRの生物学に関する我々の理解はまだ完全には程遠いが、新たな証拠は、STRが基本的な細胞プロセスにおいて重要な役割を果たしていることを示唆している(Gymre…
bedtoolsを使う。 Document bedtoolsのインストール 本体 Github #bioconda(link)condaw install -c bioconda -y bedtools > bedtools maskfasta $ bedtools maskfasta Tool: bedtools maskfasta (aka maskFastaFromBed) Version: v2.29.0 Summary: Mask a f…
よく似たゲノム同士を直接比較して、変異がある遺伝子を検出したいことがあります。ここでは、コマンドラインのツールや商用ツールに頼らず、GUIで動作するツールを使ってゲノム比較する手順を書いてみます。 1、ソフトのインストール 前にも紹介しましたが…
2019 9/20追記 ゲノムのダウンロード この記事では、初めてコマンドで動作するツールを使う方向けにゲノムの指定した領域から配列を抽出する方法について説明します。コンピュータはmacを想定しています。普通はpython3やanacondaを入れ、condaのコマンドを…
2019 8/5 bcftools help追加 2019 8/30追記 2019 11/11追記 2020 3/20 bowtiee2コマンド修正 2021 5/24 dockerhubのイメージへのリンク追加 変異株のリファレンスをゲノムに当て、その個体についてコンセンサス配列を作成したいことがある。 これはbcftools…