macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

plant

高速な重複の検出ツール DuplicationDetector

重複は、植物ゲノム構造の重要な特徴であり、単一の遺伝子、染色体の一部や全体、さらには全ゲノムを含む可能性がある [論文より ref.1]。被子植物は、それらの進化に沿って大規模な重複および複数の全ゲノム重複を受けたことが示されている[ref.2]。重複遺…

複数のトランスクリプトーム解析からコア遺伝子を探索するGET_HOMOLOGUES-EST

2018 9/27 引用の誤り修正 2020 4/13 インストール手順とヘルプ追記, タイトル修正 2020 4/14 インストール手順修正 2020 5/27 タイトル修正 種のパンゲノムとは、その種のすべての個体に見られるすべての遺伝子とノンコーディング配列の集合体と定義される…

オオムギ(大麦)のRNA seq解析

勉強会用資料 時系列データ publishされた論文 http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1631069115000888?via=ihub 利用するシーケンスデータ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study/?acc=SRP032854 fastaとgtf http://plants.ensembl.org/…

アセンブル結果をCore gene setの検出数で評価する BUSCO

2018 1/9 version3のコマンドを最後に追記 2019 2/24 論文追記 2019 7/5 verrsion3向けに説明をアップデート 2019 11/24 論文追記 2019 12/26 v4インストール追記 2020 3/26 v4 追記 2020 6/15 構成を変更 2020 7/7 v4 のtrancrripts の説明が間違っていたの…

シロイヌナズナのRNA seq解析

2018 10/9 誤字修正 2018 10/22 CyVerseチュートリアル追記 2018 12/09 mapping追記 2018 12/12 前処理リンク追加 2019 10/21 リンク追加 植物のRNA seqを初めてされる方向けに作成した資料です。 真似すれば流れを再現できるように記載しています。興味があ…