plant
2020 3/3 論文追記 過去数十年にわたって、Genlisea aureaの63 Mb [ref.1]からPinus taedaの22 Gb [ref.2]までのサイズの多数の植物ゲノムアセンブリが生成された。このようなプロジェクトから生成されたゲノムリソースは、改良された作物品種の開発に貢献し…
現在では植物のほぼすべての部分を測定することが可能になってきているがが、植物ゲノムのサイズを評価することは依然として困難である。染色体サイズは顕微鏡下で測定することができるが[ref.1]、単一細胞内の全DNA分子の合計の長さはまだ不明である。シロ…
以前は「ジャンクDNA」と考えられていたゲノムの遺伝子間領域の配列は、生物学者の間でますます注目を集めている。これらの領域の特に顕著な特徴は、一種のリピート配列である転移因子（TE）の普及率である。 TEには、RNAを使用して複製して自分自身を「コピ…
相同配列を見つけることは、機能転移によるタンパク質の機能的アノテーションを可能にし、これらの配列が共通の進化起源を有するために推論され、そして進化研究の支持としてしばしば使用される［ref.１−３］。ホモログ内では、オルソログは種分化事象から進…
2021 1/9 ツイート追記 10年前の最初の記述以来、RNAシーケンス（RNA-seq）はトランスクリプトームにおける強力な方法となり、非常に正確な遺伝子発現の定量を可能にした[ref.1]。シークエンシングのコストが下がるにつれて、RNA seqのデータは科学文献でよ…
種はそれらの遺伝子型および表現型によって一義的に定義することができる。この遺伝子型および表現型は非常に密接に絡み合っており、追加の環境コンポーネントがこの関係の広い理解を複雑にしている。表現型、または形質は、生物の遺伝情報にある程度依存し…
ハイスループットシーケンシング技術の出現により、植物ゲノムシーケンシングは加速し、そしてデータは作物改良のために利用されてきている（Bevan and Uauy 2013）。大量の植物ゲノム配列の蓄積は、比較ゲノミクスデータベースの構築（Mihara et al、2010、…
近年、技術が絶えず改良され科学者や開業医を含む広範囲の顧客にとって利用しやすいためにDNAシーケンシングブームが起きている。メタゲノミクスから植物生理学、医学まで、多くの分野の研究者が、彼らの研究にシーケンシング実験を実施してきた。 Oxford Na…
2019 12/17 論文引用追加 同じ種の半数体ゲノムは、典型的にはそれらのゲノム構造において高い類似性を示す広範囲のco-linear（シンテニー）領域を含む。しかし、これらのシンテニー領域は異なるハプロタイプにおける異なる方向および／または位置によって特…
2019 2/12スライド追加 2019 10/29 インストール方法修正、論文引用とtwitter追記 2019 10/30 コマンド微修正 2019 11/5 コマンド記載ミス修正 2019 3/24 コマンド記載ミス修正 Oxford Nanopore TechnologiesとPacific Biosciencesによって商品化されたロン…
2019 1/17 エラー修正 2024/02/14 追記 メタゲノミクス分類手法は、データセット内の各リードに taxonomic identityをアサインすることを試みる。メタゲノミクスデータにはしばしば何千万ものリードが含まれているため、分類は、通常、長さk（k-mers）の短い…
Kodojaはk-merプロファイリングを使用してRNA-seqまたはsRNA-seのfastq/fasta生データからウイルス配列を特定するツール。 k-merを用いた系統分類ツールKrakenとおよびタンパク質レベルでの配列マッチングのKaijuを組み合わせている（Burrows-Wheeler変換し…
最近、次世代シーケンシング（NGS）を用いた、シーケンスによるジェノタイピング（GBS）などのハイスループット分子マーカー技術が開発された。これらの方法論は、ゲノムリソースに関係なく、ほとんどすべての種において、費用対効果の高い方法で迅速に数千…
2019 1/7 タイトル修正 複雑なゲノムの新規シーケンシングは、高品質のリファレンス配列を求める研究者にとっての主要な課題の1つである。 多くのde novoアセンブリはショートリードに基づいており、断片化されたゲノム配列を生成する。 リード長が10 kbを超…
2019 11/8 コマンドのミス修正（"Escherichia coli" => "Escherichia"） 2019 12/19 関連ツールリンク追加 タイトルの通りの機能をもつスクリプト。 インストール mac os10.13のminiconda2-4.0.5環境でテストした。 依存 本体 GIthub #anaconda環境ならconda…
2018 11/2 コマンド追記 & 誤字修正 2018 11/7 誤字修正 2019 4/6 docker追記 2019 6/17 追記、誤字修正 2019 6/21追記 2019 7/5 Step by step instructions link追記 現代のシーケンシング技術は細胞内の代謝過程から人口変動パターンまで、非常に幅広い自…
シーケンシング技術の急速な進歩と急激なコストのために、非モデル植物からの全ゲノムのアセンブリは、すぐにplant systematistsとevolutionary biologistsにとって日常的になるだろう。ここでは、ゲノムプロジェクトにアプローチする方法についての実践的な…
2019 6/17 インストール追記 2020 5/15 help追加 2020 7/9 ローカルでの実行例記載 2021 5/13 v6について追記 二次代謝産物または特殊代謝産物とも呼ばれる天然の産物（Natural products）は、多くの薬の基礎であり、農業および栄養学の応用にとって重要な分…
Fast-Plastは、既存および新規のプログラムを活用して、葉緑体ゲノム全体を迅速にアセンブリし、検証するパイプライン。 十分なデータを持つほとんどのデータセットについて、Fast-Plastは自動で完全長の葉緑体ゲノムアセンブリを生成できる。 Fast-Plastは…
全ゲノム重複（WGD）などの倍数性事象は、単一の生物体内に2つ以上のゲノムコピーを作成する。重複（サブゲノム）に由来するホモロガスな染色体の全セットは、遺伝子が相同染色体の1つからlossするfractionationと呼ばれる過程で遺伝子欠損を受ける（Langham…
次世代シークエンシング（NGS）技術は、オルガネラゲノム配列のavailabilityを爆発的に増加させた（論文より ref.1）。しかし、シーケンスアノテーションは依然として大きなボトルネックになっている。オルガネラゲノムの（半）自動注釈のための4つのツール…
ミトコンドリアおよび色素体（葉緑体）は、それぞれαプロテオバクテリアおよびシアノバクテリアに由来する真核細胞の細胞内小器官である。ミトコンドリアおよびプラスチドは、二本鎖DNAのゲノムを保持しており、それらはオルガネラ内で複製および発現し、通…
重複は、植物ゲノム構造の重要な特徴であり、単一の遺伝子、染色体の一部や全体、さらには全ゲノムを含む可能性がある [論文より ref.1]。被子植物は、それらの進化に沿って大規模な重複および複数の全ゲノム重複を受けたことが示されている[ref.2]。重複遺…
2018 9/27 引用の誤り修正 2020 4/13 インストール手順とヘルプ追記, タイトル修正 2020 4/14 インストール手順修正 2020 5/27 タイトル修正 種のパンゲノムとは、その種のすべての個体に見られるすべての遺伝子とノンコーディング配列の集合体と定義される…
勉強会用資料 時系列データ publishされた論文 http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1631069115000888?via=ihub 利用するシーケンスデータ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study/?acc=SRP032854 fastaとgtf http://plants.ensembl.org/…
2018 1/9 version3のコマンドを最後に追記 2019 2/24 論文追記 2019 7/5 verrsion3向けに説明をアップデート 2019 11/24 論文追記 2019 12/26 v4インストール追記 2020 3/26 v4 追記 2020 6/15 構成を変更 2020 7/7 v4 のtrancrripts の説明が間違っていたの…
2018 10/9 誤字修正 2018 10/22 CyVerseチュートリアル追記 2018 12/09 mapping追記 2018 12/12 前処理リンク追加 2019 10/21 リンク追加 植物のRNA seqを初めてされる方向けに作成した資料です。 真似すれば流れを再現できるように記載しています。興味があ…
