macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

pangenome

ラージデータセットのコアゲノムを高速に構築する CoreCruncher

コアゲノムとは、原核生物のある集団や種のすべての、あるいはほぼすべての系統が共有する遺伝子の集合を意味する。コアゲノムを推定することは多くのゲノム解析に不可欠だが、ほとんどの手法はすべてのゲノムのペアを比較することに依存している。ここでは…

anvi'oのパンゲノム解析でヒートマップを追加する

Prochlorococcus Metapangenome - Anvi'o Server anvi'oは様々な解析方法や表現方法をサポートするマルチオミクス解析パッケージである。その機能の1つに、パンゲノムやメタゲノム(binned.fasta)のgenomic ANIを総当たりで計算し、 anvi'oマップにヒートマ…

ゲノムの中の関心がある遺伝子を視覚化する Gcluster

2020 5/27 コメント追加 2020 5/28 -mオプション追記 遺伝子、遺伝子クラスター、およびその近傍のゲノムコンテクストを比較することは、遺伝子の機能や微生物の進化の基盤を決定する上で非常に重要である。現在のところ、多数のゲノムのゲノムコンテクスト…

パンゲノムグラフから微生物の多様性を調べる PPanGGOLiN

2020 4/10 引用追加、タイトル修正 機能研究、進化研究、疫学研究のために比較ゲノムを使用するには、与えられた種での発現の観点から遺伝子ファミリーを分類する方法が必要である。これらの方法は、通常、分割や最適なクラス数を推論するための多変量統計モ…

anvi'oを使ってメタゲノム解析を行う

2020 4/22 追記 2020 5/20 コード修正 ハイスループットシーケンシングとオミックス技術の進歩は、自然界に存在する微生物群集の研究に革命をもたらしている。微生物のライフスタイルを包括的に調査するためには、遺伝情報を対話的に整理して可視化し、複雑…

パンゲノムにおいて有意な関連性の遺伝子を検出する Coinfinder

原核生物および真核生物のパンゲノムのアクセサリー遺伝子は、遺伝子水平伝播、loss of gene、および選択の影響により蓄積する。 Coinfinderは、パンゲノム内の相同な遺伝子(遺伝子ファミリー)のセットが偶然に予想されるよりも頻繁に相互に関連または解離…

単離バクテリアゲノムのアセンブリ、アノテーション、比較ゲノム解析を行う高度に自動化されたパイプライン ASA3P

2020 3/22 ツイート、関連ツールリンク追記 2020 3/25 コメント追記 2020 3/26 誤字修正 2020 5/12 インストール追記 1977年に、DNAシーケンスがフレデリックサンガーによってサイエンスコミュニティに導入された[ref.1]。それ以来、DNAシーケンスは、ジデオ…

計算リソースを効率的に使って多数のよく似たバクテリアゲノムを素早く分析する自動化されたパイプライン Bactopia

2020 3/17 パラメータ追記、コマンド修正、タイトル修正 2020 3/18 追記 2020 5/11 説明追加 2020 8/13 論文追記 イルミナのテクノロジーを使用した細菌ゲノムのシーケンシングは、多くの場合、扱いやすい分析手法よりも速くデータが生成される手順になって…

(断片化した)バクテリアゲノムアセンブリを比較して遺伝子の有無を調べる GenAPI

2020 7/29 論文追記 細菌クローン間の遺伝子レパートリーの違いを見つけることは、病原性、抗生物質耐性、および代謝能力などの表現型の違いの遺伝的根拠を理解するために重要である。また、遺伝子の有無に関する情報を含む系統解析は、細菌集団において遺伝…

バクテリア(パン/メタ)ゲノムのグラフを構築する ptolemy

比較ゲノム研究における長年の制限は、リファレンスゲノムへの依存である。これにより、生物集団全体で特定できる遺伝的多様性のスペクトルを妨げる。これは、ゲノムアーキテクチャが大幅に異なる可能性のある微生物の世界で特に当てはまる。したがって、リ…

パンゲノム解析を行う PEPPA

2020 5/24 インストール手順修正、ヘルプ更新 細菌ゲノムは、広範な相同組換え、水平遺伝子導入、遺伝子損失、遺伝子重複などの複雑な進化の歴史によって形作られている。細菌ゲノムの定義されたセット内のすべての遺伝子で構成されるパンゲノムは、系統学的…

オルガネラゲノムなどの小さなゲノム配列を比較し、相同/非相同な遺伝子を視覚化するwebサービス geneCo

比較ゲノミクスは、主に生物間の共通の特徴の非常に詳細な視覚化の作成に焦点を当てている。比較ゲノミクスの主な原則は、基本的な生物学的類似性または遺伝子レベルでの生物間のDNAシーケンスから生じるゲノム機能の違いを比較することである。ゲノム機能に…

包括的なメタゲノム解析パイプライン MAGO

微生物種はさまざまな環境で重要な役割を果たしているが、メタゲノムデータセットからの高品質のゲノムの生成は、その生態学的および進化のダイナミクスを理解する上で大きな障害となっている。 Metagenome-Assembled Genomes Orchestra(MAGO)は、複数のマ…

パンゲノム解析を行うためのprokaryotesゲノム情報のデータベース proGenomes2

2019 10/27 twitter追記2 019 10/27 ブラウザについて追記 大規模ゲノミクスは、微生物の理解を深めるために役立っている。微生物学は、数千のシーケンスされたゲノムを利用できるデータ集約型の分野に発展した(ref.1–3)。過去20年以上にわたり、シークエ…

PGAPとPGAP-Xを組み込んだバクテリアのパンゲノム解析webサーバー PGAweb

2019 7/21追記 2019 10/2 コードエラー修正 2019 11/2 誤字修正 "PGAP-X: extension on pan-genome analysis pipeline"より パンゲノムの概念は2005年に提案されて以来[ref.1、2]、過去10年間でバクテリアゲノムの進化と動態を調査するために急速に採用され…

(病原性の)大量のバクテリアゲノムの自動解析パイプライン TORMES

2019 12/20 インストール手順修正 2019 12/21, 12/22結果追記 連休中は不定期更新になります。よろしくお願いいたします。 ハイスループットシーケンシング(HTS)技術の進歩およびシーケンシングコストの削減は、全ゲノムシーケンシング(WGS)が多くの…

オルソログとパラログを小メモリ使用量で高速探索する SwiftOrtho

2019 10/26 論文引用追加 Gene homology type classification は、種を越えてパラログおよびオルソログを同定することからなる。オルソログは共通の先祖遺伝子から分化後に進化した遺伝子であり、パラログはduplicationのために相同な遺伝子である。遺伝子の…

スモールゲノムを可視化したり、複数ゲノムを比較して似た領域、異なる領域を可視化できる Gview

グラフィックなゲノムマップは、ゲノムの特徴および配列の特徴を評価するために広く使用されている。 CGView(Circular Genome Viewer)ソフトウェアファミリーは、バクテリア、オルガネラ、ウイルスのゲノムマップを生成するためのツールの人気のあるコレク…

オルソログデータベース OrthoDB

ゲノムシーケンシングは、遺伝子の完全なレパートリーを明らかにし、分子レベルでの細胞プロセスの研究を可能にする可能性を有する、生物の分子調査のための最も包括的な方法である。相同性、共有された祖先の証拠としての遺伝子配列の類似性認識は、他の種…

NGSデータまたはアセンブリからバクテリアやアーキアのtaxanomic assignmentを行い、ゲノムのnoveltyなどを評価する MIGA

Small subunit ribosomal RNA gene (16S)は、30年以上にわたり、原核生物種およびそのコミュニティの多様性をカタログ化および研究するために首尾よく使用されてきた。しかしながら、16S(論文より ref.1)によって効率的に評価することができない種および…

Pan-genome解析をwebで実行できる PanWeb

次世代シーケンシング(NGS)プラットフォームは、DNAシーケンシングの大きな進歩をもたらした。これは主に、イールドの向上と精度の向上、およびコストの大幅な削減によるものである[論文より ref.1,2]。 NGS技術のために、オンラインゲノムデータベース(h…

パンゲノム解析ツール PGAP

2019 7/6 誤字修正 DNAシーケンシング技術の急速な発展に伴い、「Ten Thousand Microbial Genomes Project」や「NIH Human Microbiome Project(HMP)」(Peterson et al、2009)など多くの大規模な微生物ゲノムプロジェクトが処理されている。バクテリア全…

複数のトランスクリプトーム解析からコア遺伝子を探索するGET_HOMOLOGUES-EST

2018 9/27 引用の誤り修正 2020 4/13 インストール手順とヘルプ追記, タイトル修正 2020 4/14 インストール手順修正 2020 5/27 タイトル修正 種のパンゲノムとは、その種のすべての個体に見られるすべての遺伝子とノンコーディング配列の集合体と定義される…