macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

multi-fasta alignment (MAF)

コア遺伝子有無など視覚化できるスケーラブルな原核生物間のゲノム比較ツール Chromatiblock

完全な原核生物ゲノム間の構造的変化を視覚化することは、系統の違いの遺伝的基盤を特定するために重要である。これは通常、連続したペアワイズ比較または複数の線形の結果を線形レイアウトまたは環状レイアウトで表示することで実現される。シリアルペアワ…

マルチプルアラインメント結果からコンセンサス配列を出力するEMBOSSのconsコマンド

タイトルの通りのコマンド。 HP EMBOSS: cons インストール macos10.12の miniconda3-4.3.21環境でテストした。 condaやbrewで導入できる。 #bioconda (link) conda install -c bioconda -y emboss #homebrew brew install emboss > seqret -h $ seqret -h R…