macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

membrane protein

メタゲノムのビニング後の解析を行う自動化されたパイプライン MetaSanity

2020 5/29 構成を修正、タイトル変更 2020 6/1 コマンド修正 マイクロバイオーム研究の重要性はますます一般的になっており、さまざまな生態系(例:海洋、構築、宿主関連など)を理解するために不可欠である。研究者は、微生物ゲノムの分析のため、高度に再…

膜タンパク質の推定膜貫通領域などのフィーチャを視覚化する Protter

biological sequences内の特徴の視覚化は、シーケンシングデータの統合分析および解釈に不可欠である。豊富なfeature annotations(例:遺伝子、プロモーター)および実験的証拠(例:RNA-Seq読み取り)のコンテキストでゲノムDNAなどの核酸配列を視覚化する…

膜貫通領域を予測する TMHMM

2019 12/18 インストール追記 TMHMMは膜貫通領域を予測するツール。膜タンパク質であるかどうかの判定にも用いられる。 マニュアル 解凍したディレクトリにユーザーガイド(TMHMM2.0.html)あり。 TMHMM2.0 インストール 依存 perl and requires perl 5.0 そ…