macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

jupyter notebook

インタラクティブなレポートを出力するONTのクオリティコントロールツール pycoQC

2020 7/21 コマンドでダブルスペースになっていた部分を修正 核酸のナノポアシーケンシングは、開発に30年近くを要し、現在では合成法によるシーケンシングの代替手段として確固たる地位を確立している(Deamer, Akeson, & Branton, 2016)。オックスフォード…

 シーケンスロゴを作成するpython API Logomaker

シーケンスロゴは、DNA、RNA、タンパク質の配列の生物学的特性を視覚的に説得力のある方法で説明するが、Pythonプログラミング環境内でそのようなロゴを生成してカスタマイズすることは現在のところ困難である。ここでは、公開品質のシーケンスロゴを作成す…

Jupiter notebookの使い方其の4 まとめ

2020 5/11 誤字修正 2020 10/9 リンク追加 2020 11/8 論文リンク追加 3回にわたってjupyter notebookの簡単な使い方を説明してきました。 これまでの説明でjupyter notebookはどうやって使うのか、ある程度は伝えられたかと思います。ここで改めてJupiter no…

Jupiter notebookの使い方其の3(数式とマジックコマンドについて)

更新中 第3回の今回は、数式の表示とマジックコマンドについてです(第2回)。Jupyter Notebookに含まれるMarkdownパーサーはJSのMathJaxライブラリ(wiki)に対応しており、LaTex( ラテック、ラテフ)で書いた数式をノートブック上にレンダリングして表示…

Jupiter notebookの使い方其の2(Markdown記法について)

2020 5/4 誤字修正 2020 5/5 リンク追加, 構成変更 Jupiter notebookの使い方を解説する記事の第2弾です(第一回はこちら)。今回はJupiter notebookがサポートしているMarkdown記法について説明します。Markdownはプレーンテキストの文書からマークアップ…

初めてコマンドを使う人向けの解説:その3、Jupiter notebookの使い方 - 其の1

2020 5/2文章修正 2020 5/3 誤字修正 2020 5/4タイトル修正 2020 5/5 文章修正 2020 5/7 導入部分の文章と構成を変更 初心者向け解説記事第3弾の今回は、急速に普及が進んでいるjupyter notebookの導入と基礎的な使い方について説明します。Jupiter noteboo…