macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

index

タブ区切りゲノムポジションファイルにindexをつけて素早く問い合わせる tabix

コマンドラインやゲノムビューアで局所的なゲノム特徴を調べる場合、指定された領域に重なる特徴を検索するインターバルクエリを頻繁に実行する必要がある。インターバルクエリを数回しか行わない場合には、データファイル全体を読み込むこともできるし、イ…

vcf/bcfから必要なフィールドだけ問い合わせる bcftoolsのqueryコマンド

2020 10/14 タイトル変更 manual http://samtools.github.io/bcftools/bcftools.html BCFtools HowTo Extracting information from VCFs bcftoolsのインストール Github #bioconda (link)conda install -c bioconda -y bcftools > bcftools # bcftools Progr…

配列の豊富さを含むsequence indexを作る REINDEER

本研究では、配列の索引付けを行い、データセットのコレクションに渡ってその豊富さを記録する新しい計算手法であるREINDEERを紹介する。これまでのところ、他の方法では、大規模なデータセットに対して効率的なインデックス付けを行うことができなかったが…