eukaryotic genome annotation
微生物のDNAは日常的に抽出され、配列決定され、ゲノムにアセンブリされている。回収されたゲノムの品質を推定することは、不完全なゲノムや汚染されたゲノムが公表されるのを防ぐために非常に重要である。シングルコピーマーカー遺伝子（SCMG）は、新たにア…
2020 8/14 補足追記 2020 8/15 補足追記 遺伝子予測の完全自動化は、次世代シーケンシングの出現以来、バイオインフォマティクスの重要な課題となっている。真核生物ゲノムアノテーションパイプラインBRAKER1では、自己学習型のGeneMark ETとAUGUSTUSを組み…
2020 7/23 説明追加 EukProtは、公開されている予測タンパク質セットと、真核生物の多様性を表すために選択された非注釈ゲノムのデータベースで、すべての主要なスーパーグループからの742種とorphan taxaを含む。系統図、遺伝子ファミリー進化、その他の遺…
2020 6/15 追記 種の起源について不可知なシーケンスデバイスによって作成されたシーケンシングデータから標的ゲノムを再構築する場合、汚染された DNA によって混同される可能性がある。サンプル処理中に混入した場合でも、標的DNAとの共抽出によって混入し…
2020 2/6 タイトル修正 近年、完全（complete）なゲノムとドラフトゲノムの数は急速に増加しており、これらのゲノムの遺伝子の機能的特性と生物学的役割の特定を自動化することがますます重要になっている。 KEGGデータベースでは、Smith–Watermanスコアを使…
2020 1/9 タイトル修正 2020 7/19 追記 2020 7/23 追記 Genome Sequence Annotation Server（GenSAS、https://www.gensas.org）は、構造的および機能的アノテーション、および手動キュレーションのための安全なWebベースのゲノムアノテーションプラットフォ…
