macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

enrichment

インタラクティブなRNA seq解析webアプリケーション iDEP

RNAシークエンシング(RNA-Seq)[1]は、ゲノムワイドな発現解析のための日常的な技術となった。ますます低コストで、ライブラリー構築およびシーケンシングはしばしば標準的なプロトコルに従って実施することができる。多くの研究者、特にバイオインフォマテ…

rRNAのコンタミを除く SortMeRNA

SortMeRNAはメタトランスクリプトームやメタゲノムのシーケンスデータからrRNAを高感度に検出し、フィルタリングするツール。出力はfasta、fastq、アライメントのsam、またblastライクな出力も可能である。Illumina, 454, Ion Torrent and PacBioのシーケン…

指定した遺伝子のエンリッチメントを行う HybPiper

HybPiperは系統解析などを行うために遺伝子領域のエンリッチメントを行うことができるツール。NGSのリードを出発点として、準備した遺伝子配列セット(bait)にリードをアライメントし(BWA, BLAST)、spadesで個別にアセンブルを実行する。出力はcDNA配列と…