macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

contigのscaffolding

アセンブリのエラーやギャップ(NNN)を検出し、ポリッシュしたFASTAを出力するPilon

2018 8/31 タイトルと紹介文修正 2018 11/5 タイトル修正 2019 1/11 追記 2019 3/3ラストにnanopore long read追記 2019 4/12 ラストにpacbio long read追記 2019 6/12 リンク追記 2019 6/27 merged.fq追記 2019 7/15 追記 2019 9/29 追記 2019 10/28インス…

複数のcontigをマージしアセンブリの連続性を改善する Mix

2019 6/11 追記 ゲノムアセンブリ構築の利点を得ることを妨げる課題の中には、未完成のアセンブリおよびその後の実験的な費用の両方がある。第一に、ゲノムデノボアセンブリのための多数のソフトウェアソリューションが利用可能であり、それぞれがその長所と…

Reference-assisted assembly4 AlignGraph

AlignGraphは、よく似たゲノム配列を使いcontigを伸ばしたり繋いでくれるツール。よく似たゲノム配列が存在するとき、アセンブリして作ったcontigやscaffoldsをさらに伸ばすために使われたりする。 インストール 依存 Bowtie2 BLAT PBLAT (http://icebert.gi…

Reference-assisted assembly3 ABACAS

ABACASはサンガー研の開発したReference-assisted assemblyなアセンブル法である。2009年に論文が発表された。サンガー研のACTやMummerの機能と連携しており、ランと結果の分析にはこの2つがインストールされている必要がある。その他の特徴として、primer3…

Reference-assisted assembly 2 RACA

RACA Reference-assisted assembly を行うツール。解析にはリファレンスとアウトグループが必要である。 論文では、RACAを使いGAGEのゴールデンデータセットをアセンブルしたデータや、Tibetan antelope(ウシ科のチルー)のアセンブルデータが使われている…

Reference-assisted assembly1 ragout

small genomeとlarge genomeいずれにも使えるツール。2014年に発表された(ref.1)。複数の近縁ゲノムを使うことで、アセンブル精度を高めたとされる。公式ページには、現在レビュアー審査中の論文では哺乳類のクロモソームを再構成できると記載されている(…