macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

contamination

アダプターやプライマーのコンタミを除く AlienTrimmer

シーケンスされる長さより短いライブラリサイズのシーケンスを行うと、3'側にアダプタやバーコードが出現する。このような汚染配列があると、後の解析に悪影響を与える可能性があるため、クオリティチェックの時に除くのが望ましい。AlienTrimmerはユーザが…

高速なk-merカウントツール KMC3

2019 9/11 インストール追記 KMCは高速なk-merカウントの方法論。初代KMC、KMC2、KMC3が発表されている。ここではversion3のKMC3について記載する。ヒトゲノムの619GBのgz圧縮fastqを89分で分析できたと書かれている(2.3GHzの12コア、HDD2台のストライピン…

メタゲノムデータからvirusゲノムを検出するVIP

VIPはメタゲノムデータからホスト由来のコンタミリードを除き、virus由来のリードをアセンブルしてviursを分類・検出するパイプライン。クオリティトリミングからvirusのデータベースにリードをアライメントして照合することまで自動化されており、シンプル…

メタゲノムデータからホストゲノムのコンタミを除く KneadData

2020 4/1 9 インストール手順とhelp追記、タイトル修正 バクテリアのメタゲノム解析では、度々ホストゲノムのコンタミリードがシーケンスされてしまうことがある。KneadDataはそのようなホスト由来のリードや低クオリティのリードをフィルタリングするために…

メタゲノムからビニングしたゲノムが完全か、またコンタミがあるか評価する CheckM

2018 10/7 文章訂正 2018 10/12 dockerコンテナを使ったランの流れ追加 2019 4/11 dockerを使ったランで表も保存するよう修正 2019 6/16 インストール追記 2019 11/28 インストール追記、データベース作成の流れを修正 201 912/6 バージョンアップ追記 ドラ…

メタゲノムcontigのカバレッジ、GC、taxonomy情報を可視化して分析できる BlobTools

2019 1/16 テストラン追加、diamondデータベースbuidコマンドエラー修正 2019 1/19 diamondデータベースbuidコマンド修正 2019 1/21 追記 2019 6/22 インストール追記 2020 7/29 シミュレーション追記 2020 9/29 追記 アセンブリしたcontig中に、アセンブリ…

多機能なNGS分析ツール BBtools 其の2

20196/13 タイトル修正 2020 7/24 bbdukコマンド追記 の続き。BBtoolsの残りのコマンドを紹介する。紹介するのは以下のコマンド。 Reformat - フォーマット変換やクオリティトリミング。 Repair - ペアリードの順番が壊れたファイルを修復する。 Stats - ア…

diginormによるシーケンスデータの軽量化

2019 5/14 helpとパラメータ追記 "digital normalization"という名で発表されたこの手法は、k-merを指標にリードを間引いて、データサイズを軽量化する方法論。データサイズが大きすぎてアセンブルできないサンプルの軽量化に使えるとされる。トリミングター…