macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

bacteria

ベストマッチするリファレンスゲノムを探す ReferenceSeeker

2020 3/8 コメント削除、タイトル修正 公共データベースで利用可能な微生物ゲノムの数は増え続けており、多くのin-silico分析、例えば 一塩基多型の検出、scaffolding、比較ゲノミクス、に必要なリファレンスゲノムの最適な選択がますます困難になってきてい…

パンゲノム解析のためbacteria populationsをシミュレートする SimPan

細菌ゲノムは、広範な相同組換え、水平遺伝子導入、遺伝子損失、遺伝子重複などの複雑な進化の歴史によって形作られている。細菌ゲノムの定義されたセット内のすべての遺伝子で構成されるパンゲノムは、系統学的推論および集団研究の基礎を提供できる。ここ…

(断片化した)バクテリアゲノムアセンブリを比較して遺伝子の有無を調べる GenAPI

2020 7/29 論文追記 細菌クローン間の遺伝子レパートリーの違いを見つけることは、病原性、抗生物質耐性、および代謝能力などの表現型の違いの遺伝的根拠を理解するために重要である。また、遺伝子の有無に関する情報を含む系統解析は、細菌集団において遺伝…

パンゲノム解析を行う roary

2020 3/19 4/6 スクリプト修正 2020 3/19 4/10 サンプル数が多い時のオプション追記 2020 4/13 追記 2020 5/11 リンク修正2020 5/25 わかりにくい文章を修正、roaryのランコマンド修正 インストール手順追記 2020 5/27 コメント追加 2020 6/7 ML法のコマンド…

バクテリアゲノムの進化をシミュレートする SimBac

バクテリア全ゲノムシーケンシングは急速に普及しており、高解像度の遺伝情報を迅速かつ費用対効果の高い方法で提供することにより、multilocus sequence typing(MLST)に取って代わっている(Didelot et al、2012; Wilson、2012)。遺伝学的データを使用し…

NCBIからゲノムをダウンロードしたり、 差分だけ更新する機能を持つ genome_updater

2020 4/25 help追記、タイトル変更 genome_updaterはNCBIゲノム(refseq / genbank)をダウンロードおよび更新するBashスクリプトである。データの更新、詳細ログの保持、ファイル整合性チェック(MD5)、そして並列[2]ダウンロードをサポートする。 インス…

最新のデータベースを使ってメタゲノムのリードのtaxonomic assignmentを行う ganon

リファレンスおよびtaxonomyに基づくショートリードの分類は、メタゲノムの基本的なタスクである。 シーケンス後に行うことができる環境サンプルからの各リードの起源の定義は、通常は量の推定、プロファイリング、およびアセンブリ前の最初のステップである…

Genome properties (GP)

現代のDNAシーケンシング技術は、単離した生物のみならず、生物のコレクション(メタゲノミクス)のDNA配列を決定する能力に革命をもたらした。一握りの特徴づけられた配列から新規ゲノムにコードされた遺伝子への自動アノテーションは、特に原核生物ゲノムで…

バクテリアゲノムの自動アセンブリ、アノテーション付けツール asqcan

asqcanは、細菌ゲノム配列の自動アセンブリ、品質管理、アノテーション付けのためのワークフローパイプラインである。 最新のバクテリアシーケンシングプロジェクトには、かなりの数の単離株が含まれる場合があり、必要なQCとアノテーションの作成、実行に時…

バクテリアゲノムをリファレンスフリーで素早く分析する SKA

細菌性病原体のゲノムシーケンスは、疫学者の防具の重要なツールになりつつある。パルスフィールドゲル電気泳動やMLSTなどの従来の分子タイピングアプローチよりも特異性と感度が向上し、遺伝子型の抗微生物薬耐性予測などの疫学関連データも提供される。た…

publication品質の近傍遺伝子描画webサービス Gene Graphics

遺伝子近傍の検査は比較ゲノミクスの不可欠な部分だが、遺伝子クラスターのpublication品質のグラフィックスを作成するツールはない。 Gene Graphicsは、このようなビジュアルを作成するための簡単なWebアプリケーションである。サポートされている入力には…

ゲノムを分類、クラスタリングし、視覚化する JGI-GenomeConstellation

2019 11/3 タイトル修正 これまでに特定されていない分類群を含む分類群の分類は、南極の乾燥した谷にある永久に氷に覆われた湖を含む、記載されていない生息地の微生物群集を特徴付ける重要なタスクである。現在の監視された系統発生ベースの方法は、そのよ…

GTDBのオンライン系統樹 AnnoTree

2019 11/6 タイトル修正、説明追加 重要な生物学的および進化的洞察は、種の系統発生にわたる遺伝子および機能的アノテーションの有無を調査することにより生成できる。これらには、予期しない taxonomic occurrences の特定(ref.1)、遺伝子の進化的起源の…

パンゲノム解析を行うためのprokaryotesゲノム情報のデータベース proGenomes2

2019 10/27 twitter追記2 019 10/27 ブラウザについて追記 大規模ゲノミクスは、微生物の理解を深めるために役立っている。微生物学は、数千のシーケンスされたゲノムを利用できるデータ集約型の分野に発展した(ref.1–3)。過去20年以上にわたり、シークエ…

microbiome研究のためのプラットフォーム iMicrobe

iMicrobeは、研究者自身のデータを公開し、精選された微生物のメタゲノムデータセットと分析のための高性能コンピューティング(HPC)メソッドに接続するプラットフォームである[ref.1]。過去10年間で、シーケンシングのコストはムーアの法則をはるかに上回…

(植物など)ゲノムアセンブリとアノテーションのクオリティを分析するwebサーバー GenomeQC

2020 3/3 論文追記 過去数十年にわたって、Genlisea aureaの63 Mb [ref.1]からPinus taedaの22 Gb [ref.2]までのサイズの多数の植物ゲノムアセンブリが生成された。このようなプロジェクトから生成されたゲノムリソースは、改良された作物品種の開発に貢献し…

メタゲノムのtaxonomic assignmentと定量を行う CCMetagen

環境試料および宿主関連試料(メタゲノミクスおよびメタトランスクリプトミクス)のDNAおよびRNAのハイスループットシークエンシングは、どの生物が試料中に存在するかを評価するための強力なツールである。Taxonomy同定ソフトウェアは通常、個々のショート…

コア遺伝子有無など視覚化できるスケーラブルな原核生物間のゲノム比較ツール Chromatiblock

2020 9/24 論文引用 完全な原核生物ゲノム間の構造的変化を視覚化することは、系統の違いの遺伝的基盤を特定するために重要である。これは通常、連続したペアワイズ比較または複数の線形の結果を線形レイアウトまたは環状レイアウトで表示することで実現され…

バクテリア/アーキアの高速なアノテーションパイプライン DFAST

2019 11/17 補足説明追記 2019 12/28 インストールコマンド修正 2020 1/17 実行例追加 2020 10/19 help更新 (v.1.2.10) 2021 2/22 ツイート追記 本著者らはパブリックシーケンスデータベースへのゲノム送信をサポートする原核生物ゲノムアノテーションパイプ…

モデルベースでDNA-DNAハイブリダイゼーションを計算するwebツール GGDC

2020 7/28 追記、タイトル修正 DNA-DNAハイブリダイゼーション(DDH)は、古細菌および細菌種の描写のための分類学的ゴールドスタンダードとして現在も使用されているウェットラボ法である。 2つのそれぞれの生物のゲノムDNAがDDHの類似性が70%未満であるこ…

微生物ゲノムアセンブリの品質と比較ゲノミクス(correspondence要約)

私(論文のオーサー;hereafter、私)の最近の研究では、低品質の細菌ゲノム配列(ここでは「多くのコンティグを含むゲノム配列アセンブリ、最終的には明らかなミスアセンブリと未解決のプラスミド配列」と定義)を扱ってきた。主要な問題は、ゲノムのクオリ…

アセンブリグラフからプラスミドを検出する HyAsP

プラスミドはバクテリアで一般的なextra-chromosomalのDNA分子である。プラスミドは、それらの長さ(それらはchromosomeよりはるかに短い傾向がある)、コピー数(プラスミドは細胞内に複数のコピーで存在する場合がある)およびGC含有量などの様々な特徴に…

アセンブリ配列の16S rRNA相同性からシーケンシングデータの汚染を素早く見積もる ContEst16S

近年、次世代シークエンシング(NGS)と呼ばれる新しいDNAシークエンシング技術の開発により、ゲノムシークエンシングのコストと時間が劇的に減少した。現在、publicデータベースの原核生物ゲノム配列数は約7万に達している(論文執筆時点)。大規模ゲノムデ…

タイプ株を中心にバクテリアの表現型情報をまとめたデータベース BacDive

2020 10/16 タイトル変更、誤字修正 原核生物は、研究開発との関連性が高い多種多様な表現型形質を発現する。バクテリアのメタデータのホットスポットとしてよく利用できるのは、最初の(一次)文献で報告された種の説明と、生物資源センター(BRC)によって…

バクテリア、アーキア、プラスミドの複製起点(ori)データベース DoriC

2019 6/21 誤字修正、コマンド修正 すべての生物において、DNA複製は複製機構の構築段階で正確に制御されている(ref.1)。複製起点は特定のゲノム遺伝子座であり、そこでは二本鎖DNAがほどけて一本鎖DNA鋳型を形成して新しい鎖の合成を開始する。大部分の細…

ホモログ及びオルソログタンパク質を検索するwebデータベース orthoFind

相同配列を見つけることは、機能転移によるタンパク質の機能的アノテーションを可能にし、これらの配列が共通の進化起源を有するために推論され、そして進化研究の支持としてしばしば使用される[ref.1−3]。ホモログ内では、オルソログは種分化事象から進…

メタゲノムのraw fastqからantibiotic resistance genesを再構成する fARGene

2019 5/20 関連ツール追記 抗生物質耐性菌による感染は世界的に増加しており、公衆衛生に大きな脅威をもたらしている[ref.1]。抗生物質耐性は細菌種の固有の特性である場合があるが、その臨床的意味において、それは既存の染色体DNAの突然変異によって、また…

複数データベースを統合した包括的な薬剤耐性遺伝子データベース ARGminer

2019 5/4 タイトル修正 薬剤耐性(AMR)は、世界保健機関(WHO)によって世界規模の主要な健康上の脅威として認識されている。 AMRは2050年までに指数関数的に増加し、実質的なヒトの罹患率と死亡率をかなり増やすと予測されている。したがって、モニタリン…

SRAのRNA seqデータを素早く比較・分析する Digital expression explorer 2(手持ちのデータにも対応)

10年前の最初の記述以来、RNAシーケンス(RNA-seq)はトランスクリプトームにおける強力な方法となり、非常に正確な遺伝子発現の定量を可能にした[ref.1]。シークエンシングのコストが下がるにつれて、RNA seqのデータは科学文献でより一般的になりつつある…

(病原性の)大量のバクテリアゲノムの自動解析パイプライン TORMES

2019 12/20 インストール手順修正 2019 12/21, 12/22結果追記 連休中は不定期更新になります。よろしくお願いいたします。 ハイスループットシーケンシング(HTS)技術の進歩およびシーケンシングコストの削減は、全ゲノムシーケンシング(WGS)が多くの…