macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

assembly

(メタゲノム向け)高効率なプロテインレベルのアセンブリツール PLASS

メタゲノム研究の主な制限は、ショートリードの大部分(土壌で80% - 90%[1])を、遺伝子およびタンパク質配列の予測を可能にするのに十分な長さの連続した配列(contigs)にアセンブリすることができないことである。 低存在量のゲノムはアセンブリが困難…

viral quasispeciesのアセンブリを行う SAVAGE

2019 5/20 誤字修正、コメント、ヘルプ追加 HIV、Zika、Ebolaなどのウイルスは、一般的にウイルス準種(viral quasispecies, wiki)と呼ばれる、遺伝的に関連しているが異なる変異株の集団として宿主に存在する。それぞれ独自のハプロタイプ配列によって特徴…

メタゲノムアセンブリを評価する MetaQUAST

メタゲノミクスは、環境サンプルから直接採取した遺伝物質を研究する。 NGS技術は、クローニングなしに少量の生物からDNAを抽出しショートリードシーケンシングすることを可能にする。しかし、そのような実験で作成されたデータは膨大でノイズが多く、そして…

metaSPAdes

メタゲノムシーケンシングは、細菌集団の分析ならびに新規な生物および遺伝子の発見のための選択技術として浮上している(Tyson et al, 2004、Venter et al, 2004、Yooseph et al, 2007、Arumugam et al, 2011)。初期のメタゲノミクス研究の1つにおいて、Ve…

ロングリードを使ってscaffoldsのgap closingを行うLR_Gapcloser

次世代シークエンシング( NGS)技術は、デノボアセンブリによるゲノム配列の低コストおよび高速構築を可能にする。 NGS技術の利点と共に、この10年間で、多くのゲノムプロジェクト(例えば、10Kゲノムプロジェクト[ref.1]や100K病原体ゲノムプロジェクト[re…

効率的なロングリードとロングリードのアライナー/オーバーラッパー BELLA

最近のシークエンシング技術の進歩により、これまで以上に大規模なゲノムデータにアクセスしやすくなり、ゲノム構造およびその種間および種内での多様性の特性評価が可能になった。シーケンシング後のデータの分析は困難な作業である。ハイスループットシー…

ロングリードのリファレンスガイドアセンブリや連鎖地図のマーカーによるガイドアセンブリを行う Kermit

ハイスループットな第二世代シーケンシング技術は、大規模な新規アセンブリを可能にし、そして一般化した。しかしながら、それらのショートリード長は今日でも大きな問題を引き起こしている。1分子リアルタイムシークエンシング(SMRT)およびオックスフォ…

複数のtranscritome情報(gtf)をマージする TACO

ハイスループットRNAシークエンシング(RNA-Seq)により、トランスクリプトームの詳細な理解が可能になった(ref.1–3)。手動および自動システムによる high fidelityな遺伝子モデルアノテーションの試みは、主にロースループットシークエンシング法(ref.4–…

高速なロングリードのアセンブリツール wtdbg2

2019 4/15 Githubリンクの誤り修正 デノボシーケンスアセンブリは、比較的短いシーケンシングリードからサンプルゲノムを再構築する。リファレンスゲノムは関心のある領域を欠いている可能性があるため、マッピングベースの分析に失敗することが多い、新種お…

Nanoporeのロングリードのアセンブリを中心としたツールキット Pomoxis

Pomoxisは、ナノポアシーケンスに合わせて調整された基本的なバイオインフォマティクスツールのセット。ドラフトアセンブリの生成分析に関するツールが含まれている。 これらのツールの多くは、Oxford Nanopore Technologiesの研究データ分析グループによっ…

サンガーシーケンシングリードを自動でアセンブリしてアノテーションを行うwebサーバ deFUME

機能選択は、遺伝子の発見および機能的に検証されたアノテーションのための強力な技術を表す[ref.1、2]。この手法は、ランダムにクローニングされたゲノムDNAまたはメタゲノムDNAを、通常は短い(1〜3 kb)DNA断片として発現ベクターに組み込むことに依存し…

ラージゲノムにも対応した高速に動作するリファレンスガイドアセンブリツール RaGOO

2019 2/12スライド追加 Oxford Nanopore TechnologiesとPacific Biosciencesによって商品化されたロングリードの一分子シーケンシング技術は、高品質の新規真核生物ゲノムアセンブリを促進している[ref.1]。さまざまな動植物種でこれらの技術を使用している…

アンプリコンシーケンシングのアセンブルとクオリティフィルタリングツール moira

16SリボソームRNAなどのマーカー遺伝子のハイスループットシークエンシングは、複雑な微生物群集の分析においてこれまで到達できなかった詳細なレベルの分析を可能にするため、微生物生態の研究者にとって非常に貴重なツールとなっている。 Roche 454、Illum…

ONTのロングリードを自動でアセンブリして公開し、比較できるツール poreTally

ナノポアシークエンシングは、エラーが発生しやすいクオリティが一貫したロングリードを生成する第3世代のシークエンシング方法である。簡単に言うと、DNAまたはRNA鎖がタンパク質の細孔を通って引っ張られ、細孔を介して電気抵抗に影響を与えこれが記録され…

SPAdesとUnicyclerでlarge k-merを使う part2 (SPAdesのテスト)

127以上のk-merを使うために、SPAdesとUnicyclerをビルドし直した(リンク)。今回は、実際に127以上のk-mer値でアセンブリを行い、アセンブリ性能がどのように変化するか簡単にテストした結果を書く。 Real dataの傾向が知りたいので、GAGE-BのMiseqでシー…

リードや他のアセンブリから得られた情報を組み込んでゲノムアセンブリ精度を向上させる NucMerge

過去10年にわたるシーケンシング技術の大きな進歩にもかかわらず、第2世代シーケンシングリードを用いたゲノムアセンブリは依然として複雑な問題のままである。これは主に、ゲノムの構造の繰り返しと、大量のデータ、短いリード長及びフラグメント長、不均一…

SPAdesとUnicyclerでlarge k-merを使えるようにビルドし直す part1

文章修正 これまではk-merの値を増やしても、k-merのピークがノイズの中に埋もれてしまうので意味がないと思いこんでいたが、SKESA(紹介)は、ペアエンドリードをマージし、リード長以上の長いk-merも使ってde brujin gaphを構築し、より長いunitigを構築す…

ロングリードのアセンブリツール Flye

2019 3/16 version2.4.1のヘルプに更新 2019 4/2 論文追記 2019 4/10 テストランのコマンドミス修正 2019 5/14 リンク追加 ゲノムアセンブリの問題は、最終的には、リピートキャラクタライゼーション問題、すなわちリピートグラフとしてのゲノム中のすべての…

アセンブリの構造的誤りが疑われる部位をコールする NucBreak

ゲノムシーケンシング技術全体の進歩により、近年ゲノム配列が決定された生物数が大幅に増加している。これは、広範な生物の比較ゲノム解析を行う機会を提供している。分析結果は、使用されたゲノムアセンブリの品質に大きく依存する。アセンブリ内のエラー…

Linked readを使ってクロモソームスケールのアセンブリを行う ARKS

ARCSより 10×Genomics(10×G、Pleasanton、CA)のChromiumシークエンシングライブラリー調製プロトコルは、Illuminaシーケンシング(San Diego、CA)ベースで長いDNA断片上にショートリードとバーコード情報を提供しローカライズさせる。したがって、高スル…

Linked readsを使ってミスアセンブリを検出する tigmint

ショートリード・シーケンシング・データのアセンブリは、シーケンシング・ライブラリのフラグメント・サイズよりも大きいリピート配列によって容易に混乱させられる。リピートのサイズがライブラリのフラグメントサイズを超えると、コンティグは最善のケー…

アセンブリのグラフを可視化し、アセンブリの評価・分析を助ける SGTK

2018 11/27 誤字修正 Scaffoldingはすべてのゲノムアセンブリパイプラインの重要なステップである。scaffoldingにより、メイトペアライブラリやロングリードなどのさまざまなタイプのリンケージ情報を使用してコンティグをより長い配列にアラインできる。 こ…

de bruin graphにリードをマッピングする BGREAT

2018 11/22 ポスターlink追加、誤字修正 次世代シーケンシング技術(NGS)は、シーケンシングされたゲノムの生成を大幅に加速した。しかしながら、これらの技術は、依然として染色体当たり単一の配列を提供することができないままである。代わりに、それらは…

複数のアセンブラとk-merを使ったTranscriptome 自動アセンブリワークフロー Oyster River Protocol

2018 11/2 コマンド追記 & 誤字修正 2018 11/7 誤字修正 2019 4/6 docker追記 現代のシーケンシング技術は細胞内の代謝過程から人口変動パターンまで、非常に幅広い自然現象の基礎となるゲノムレベルのプロセスを深く理解する機会を提供してきた。トランスク…

de novo transcriptomeのアノテーションツール dammit

dammitは、単純なde novo transcriptome annotatorである。 アノテーションのプロセスの個々の部分は全てすでに存在しているが、既存の解決策は過度に複雑であるか、または無駄な非フリーソフトウェアに依存しているという観測から生まれた。 dammitは無料で…

よく似たゲノム情報を使い不完全なゲノム情報しか持たない種のRNA seq解析の精度を上げる自動化されたツール Necklace

2018 10/31、11/2 タイトル、コード等修正、docker追加 シーケンシングされた種の数が増加しているが、ゲノムの大部分は不完全である。それらにはギャップが含まれていても、配置されていない領域が残っていてもよく、アノテーションが不十分な場合もある。…

ハイブリッドアセンブリのためのアライメントフリー scaffolding graph構築ツール Fast-SG

2018 10/26 タイトル修正 ゲノム全体のデノボアセンブリの主要な課題は、リピートを解決することである[論文より 1,2]。リピートは、ゲノムの複数の位置で生じるほぼ同一のゲノム配列に対応する。この課題に対処するために、主に2つのタイプのアプローチが提…

大きなk-merも使うde Bruijn graph のアセンブリツール SKESA

2019 4/12 dockerリンク追加 NGSデータを分析するためのシーケンスアライメント、アセンブリ、変異検出、またはそれらのいくつかの組み合わせは、通常、バイオインフォマティクスパイプラインの主要なモジュールである[論文より ref.1,2,3,4,5,6]。微生物ゲ…

レビュージャーナル要約 植物ゲノムのアセンブリガイド

シーケンシング技術の急速な進歩と急激なコストのために、非モデル植物からの全ゲノムのアセンブリは、すぐにplant systematistsとevolutionary biologistsにとって日常的になるだろう。ここでは、ゲノムプロジェクトにアプローチする方法についての実践的な…

ロングリードを使ってcontigのscaffoldingを行う LINKS

ロングリードシークエンシング技術はここ数年で急速に成熟し、ゲノムアセンブリへのロングリードの利点は欠かせないものになった[論文より ref.1]。最近、複数グループがエラーの多いロングリードから完全なバクテリアゲノムへのデノボアセンブリが可能であ…