macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

TPM

TPMカウントから主成分分析を行う zpca

zpcaはFoivos Gypasが公開されているTPMカウントから主成分分析を行うツール。試してみる。 インストール ubuntu18.04のminiconda3.8環境でmambaを使って導入した。 #bioconda (link)mamba install -c bioconda -y zpca#dockerdocker pull zavolab/zpca#Sing…

bamファイルを使ってDNA/RNAシーケンスのピーク定量やTPM計算、bigwigのcoverage trackを作成する BAMscale

2020 1/14 conda追記 2020 9/23 タイトル修正 BAMscaleは、chromatin binding(ChIP-seq)およびクロマチン状態変化(ATAC-seq、END-seq)やchromatin state changes(ATAC-seq, END-seq)、RNA seqのシーケンシングデータセットを処理するワンステップツー…