macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

Molecular Ecology Resources

ロングリードデータを用いたプラスチドゲノムのアセンブリを行う ptGAUL

プラスチドゲノム(プラストーム)の構造は、ほとんどの種子植物で高度に保存されているが、過去20年間の研究により、大幅な再配列を経験したいくつかの異種族系統が明らかになっている。ほとんどのプラストームには、大きなインバーテッドリピートと2つのシ…

クロロプラストゲノムの詳細な構造を可視化する CPGView

クロロプラストゲノムは、植物の系統や進化を研究する上で広く利用されている。クロロプラストゲノムの可視化ツールは、ゲノム上の遺伝子の分布を表示するためにいくつか開発されている。しかし、これらのツールは、エクソン、イントロン、繰り返し要素、可…

rDNA配列を解析するためのユーザーフレンドリーなバイオインフォマティクスパイプライン gDAT

複数の生物を並行して行うハイスループットシーケンス(HTS)(メタバーコーディング)は、環境サンプル中の微生物群集を分析するための日常的で費用対効果の高い方法となっている。しかし、HTSデータの潜在的なエラーを特定するためには、慎重なデータ処理…

ミトコンドリアゲノムをショートリードからアセンブルする MitoFinder(既知ミトコンドリアゲノム情報が必要)

2020 9/29 タイトル修正 ハイスループットシーケンシング技術の発展により、核内ultraconserved DNA elements(UCE)(wiki)のターゲットエンリッチメントシーケンシングが可能となり、数千ものゲノムマーカーから系統関係を日常的に推論できるようになった…

VCFファイルを分析するCRANパッケージ vcfR

2020 4/15 コマンド修正, 手持ちのファイルを使う例を追記 一塩基多型や関連する遺伝的変異を呼び出すソフトウェアは、選択された出力フォーマットとしてバリアントコールフォーマット(VCF)に収束してきている。これにより、VCFファイルを扱うツールの必要…