macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

Molecular Ecology Resources

ミトコンドリアゲノムをショートリードからアセンブルする MitoFinder(既知ミトコンドリアゲノム情報が必要)

2020 9/29 タイトル修正 ハイスループットシーケンシング技術の発展により、核内ultraconserved DNA elements(UCE)(wiki)のターゲットエンリッチメントシーケンシングが可能となり、数千ものゲノムマーカーから系統関係を日常的に推論できるようになった…

VCFファイルを分析するCRANパッケージ vcfR

2020 4/15 コマンド修正, 手持ちのファイルを使う例を追記 一塩基多型や関連する遺伝的変異を呼び出すソフトウェアは、選択された出力フォーマットとしてバリアントコールフォーマット(VCF)に収束してきている。これにより、VCFファイルを扱うツールの必要…