Molecular Biology and Evolution
コアゲノムとは、原核生物のある集団や種のすべての、あるいはほぼすべての系統が共有する遺伝子の集合を意味する。コアゲノムを推定することは多くのゲノム解析に不可欠だが、ほとんどの手法はすべてのゲノムのペアを比較することに依存している。ここでは…
2017
Molecular Biology and Evolution
annotation
web tool
orthologue
de novo transcriptome
metagenome
GO term
KEGG
KEGG pathway
2020 9/1 説明追記 重複イベントではなく種分化に由来するオーソロガス遺伝子の同定（Fitch 1970）は、新規遺伝子の機能的特性化に深い意味を持つ長年にわたる進化の問題である。 「オルソログ推測」では、同じ遺伝子重複イベントから派生したパラログ間より…
2019
blast
docker
web tool
Molecular Biology and Evolution
結果の視覚化 (visualization)
インフォマティクス解析をサポートするツール
2020 1/25 タイトル修正、統合TVリンク追加 シーケンシングコストの劇的な低下により、個人や研究者グループが以前に研究されていない生物からゲノムまたはトランスクリプトーム配列を生成する多くの機会が生まれている。多くの研究の疑問には、小規模または…
2019
Molecular Biology and Evolution
automatic pipeline
docker
metagenome
生物種の推定 (taxonomic profiling)
系統解析
ゲノム比較 (comparative genomics)
single cell
taxonomic assignment
duplication
annotation
abundance estimation in metagenomics data
Binning (metagenomics)
evaluation tool
orthologue
pangenome
automated pipeline
bacterial annotation
assembly
human genome
quality check
微生物種はさまざまな環境で重要な役割を果たしているが、メタゲノムデータセットからの高品質のゲノムの生成は、その生態学的および進化のダイナミクスを理解する上で大きな障害となっている。 Metagenome-Assembled Genomes Orchestra（MAGO）は、複数のマ…
