macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

KEGG

Webベースのデータ分析プラットフォーム NASQAR その2

2020 9/6 誤解を招く説明を修正 1回目の続きになります。今回はEnrichment のツールを簡単に紹介していきます。 Enrichment 2つのアプリケーションが利用できる。 解析フローはこの手順を踏襲したものになっている。こちらを読めばどんなコマンドを実行して…

ゲノム配列からウィルス配列を同定してアノテーションをつける VIBRANT

細菌や古細菌に感染するウイルスは世界的に豊富であり、ほとんどの環境で宿主の数を上回っている [ref.1,2,3]。ウイルスは、感染時に宿主細胞の代謝状態を再プログラムすることができる義務的な細胞内病原性遺伝要素であり、多様な環境下で毎日20~40%の微…

KEGGのパスウェイアノテーション結果を視覚化する KEGG-Decoder

2020 2/25 わかりにくい説明を修正 好気性非酸素発生型光合成生物(AAnP)は海洋環境で一般的であり、光従属栄養活動に関連している。現在までに、炭素固定の可能性を持っているAAnPは、表層海洋では確認されていない。 Tara Oceansメタゲノムデータセットを…

HMMを使ったKEGG IDsアノテーションwebサービス KofamKOALA

KofamKOALAは、事前に計算された適応スコアしきい値を持つプロファイル隠れマルコフモデル(KOfam)のデータベースに対する相同性検索により、KEGGオーソログ(KO)をタンパク質配列に割り当てるWebサーバである。 KofamKOALAは、既存のKO assignmentツール…

機能アノテーション付けを行うwebサービス eggNOG-Mapper

2020 9/1 説明追記 重複イベントではなく種分化に由来するオーソロガス遺伝子の同定(Fitch 1970)は、新規遺伝子の機能的特性化に深い意味を持つ長年にわたる進化の問題である。 「オルソログ推測」では、同じ遺伝子重複イベントから派生したパラログ間より…

KEGGの遺伝子アノテーション結果を要約する GAEV

非モデルアセンブリのコンピュータ アノテーション付き遺伝子の生物学的機能と、これらの遺伝子の産物によって形成される分子パスウェイの説明は、種のさまざまな固有の生物学的属性(生理学、生活史、行動など)の遺伝的基盤を特定するために重要である。 D…

KEGGのパスウェイアノテーションwebサービス KAAS

2020 2/6 タイトル修正 近年、完全(complete)なゲノムとドラフトゲノムの数は急速に増加しており、これらのゲノムの遺伝子の機能的特性と生物学的役割の特定を自動化することがますます重要になっている。 KEGGデータベースでは、Smith–Watermanスコアを使…

インタラクティブなGOエンリッチメント解析webサービス ShinyGO

2019年最後の投稿になります。今年もお世話になりました。来年もどうぞよろしくお願い致します。 ゲノムワイドな研究で特定された一連の遺伝子について、遺伝子オントロジー(GO)によって定義されたものなど、特定のパスウェイまたは機能カテゴリの遺伝子が…