macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

KEGG

KEGGのパスウェイアノテーション結果を視覚化する KEGG-Decoder

2020 2/25 わかりにくい説明を修正 好気性非酸素発生型光合成生物(AAnP)は海洋環境で一般的であり、光従属栄養活動に関連している。現在までに、炭素固定の可能性を持っているAAnPは、表層海洋では確認されていない。 Tara Oceansメタゲノムデータセットを…

HMMを使ったKEGG IDsアノテーションwebサービス KofamKOALA

KofamKOALAは、事前に計算された適応スコアしきい値を持つプロファイル隠れマルコフモデル(KOfam)のデータベースに対する相同性検索により、KEGGオーソログ(KO)をタンパク質配列に割り当てるWebサーバである。 KofamKOALAは、既存のKO assignmentツール…

機能アノテーション付けを行うwebサービス eggNOG-Mapper

重複イベントではなく種分化に由来するオーソロガス遺伝子の同定(Fitch 1970)は、新規遺伝子の機能的特性化に深い意味を持つ長年にわたる進化の問題である。 「オルソログ推測」では、同じ遺伝子重複イベントから派生したパラログ間よりもオーソロガス遺伝…

KEGGの遺伝子アノテーション結果を要約する GAEV

非モデルアセンブリのコンピュータ アノテーション付き遺伝子の生物学的機能と、これらの遺伝子の産物によって形成される分子パスウェイの説明は、種のさまざまな固有の生物学的属性(生理学、生活史、行動など)の遺伝的基盤を特定するために重要である。 D…

KEGGのパスウェイアノテーションwebサービス KAAS

2020 2/6 タイトル修正 近年、完全(complete)なゲノムとドラフトゲノムの数は急速に増加しており、これらのゲノムの遺伝子の機能的特性と生物学的役割の特定を自動化することがますます重要になっている。 KEGGデータベースでは、Smith–Watermanスコアを使…