macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

ITS

ゲノムからITS配列を抽出する extractITSスクリプト

ITS

ITSx (Bengtsson-Palme et al., 2013)は、ゲノムFastaファイルからITS配列を抽出するためのリファレンスベースのメソッドであるが、非常に時間がかかる。最近、リボソームRNA遺伝子を高速かつ正確に特定するBarrnapが開発された。この2つのソフトウェアを組…

真菌のITSやコアタンパク質コード遺伝子を使った系統解析を自動で実行する UFCG pipeline

UFCG pipelineを使うと、真菌のITSやコアタンパク質を使った系統解析を自動で実行できます。簡単にですが、使い方を確認しておきます。 UFCG is a database&pipeline for fungi phylogenomics. Our db contains 61 marker genes, 20 widely used & 41 novel …

真菌のコア遺伝子データベースとゲノムワイド系統解析のためのパイプライン UFCG

系統発生学では、生物の進化的関係をゲノム情報によって研究する。各生物から関連する遺伝子を抽出し、多重配列アラインメントを構築し、系統樹によって進化関係を再構築するのが一般的なアプローチである。この解析には、分類群内での効率的な自動化を可能…

rDNA配列を解析するためのユーザーフレンドリーなバイオインフォマティクスパイプライン gDAT

複数の生物を並行して行うハイスループットシーケンス(HTS)(メタバーコーディング)は、環境サンプル中の微生物群集を分析するための日常的で費用対効果の高い方法となっている。しかし、HTSデータの潜在的なエラーを特定するためには、慎重なデータ処理…

真菌群集を解析するユーザーフレンドリーなwebサーバー DAnIEL

ヒトの体内や体の中には、あらゆる生物界を代表する何兆もの微生物が生息しており、宿主の発生や生理に重要な役割を果たしている。この10年間で、細菌の配列を解析するためのオンラインツールやサーバーが十数種類開発され、パブリックドメインでアクセスで…