macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

GenBank

GenbankアクセッションIDからtaxonomyを返す acc2tax

タイトルの通りのツール。 インストール macos標準のclangでビルドした。 Github git clone https://github.com/richardmleggett/acc2tax.gitcd acc2tax/cc -o acc2tax acc2tax.c#パスの通ったディレクトリにコピーcp acc2tax /usr/locasl/bin/ > acc2tax -h…

GenBankから配列やアノテーションを取り出すWebサービス FeatureExtract

イントロン/エクソン構造、プロモーター領域の内容、上流域および下流域における他の遺伝子の位置など、DNA配列の特徴のアノテーションに簡単にアクセスできることは、多くの生物学的問題に取り組むことが非常に有益である。たとえば、遺伝子内のイントロン…