macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

GUIの解析ツール

GC-skewと複数アセンブルデータを使ってバクテリアのゲノムアセンブリを改善するGUIツール GFinisher

GFinisherはゲノムのアセンブルで得たコンティグを、似たゲノムの情報と他のアセンブルツールのコンティグ情報を使い、contiguityを改善するツール。始めに似たゲノムにコンティグを貼り付け、他のコンティグ情報も使いターゲットのコンティグを並べ替える。…

アセンブルのギャップクローズを支援する GapBlaster

GapBlasterは、ゲノムのアセンブリで得られたコンティグを用いて、NNNで繋がったスキャフォールドのクローズを支援するjavaのツール。GUIで動作する。アセンブリで得られたコンティグをblast+/legacy blast/mummerの新井面ツールでスキャホールドにアライメ…

DNAでもRNAでも使える、複数サンプルのマッピングを同時比較できるGUIツール Qualimap2

公式サイト http://qualimap.bioinfo.cipf.es ユーザーマニュアル http://qualimap.bioinfo.cipf.es/doc_html/index.html ワークフロー http://qualimap.bioinfo.cipf.es/doc_html/workflow.html CUI環境でのラン。 http://qualimap.bioinfo.cipf.es/doc_htm…

Synteny blockを検出して、染色体の類似領域を可視化する Cinteny

Cintenyは類似の生物間のゲノム配列を比較し、Synteny block(wiki)で描画するツール。人やマウスなどのデータについてはビルド済みのwebサーバーが提供されており、すぐにゲノム比較を行うことができる。 webサーバー http://cinteny.cchmc.org 使い方につ…

リファレンスゲノム情報を使ってcontigをソートし、ギャップクローズのPCRプライマーを自動設計するProjector 2

Projector 2はリファンレンスのゲノムを使い、de novo assemblyで作ったcontigをconcatenateして、さらに隣接したcontigを跨ぐ特異的なプライマーを自動設計して、Finishingを助けるツール。contigの接続の指標となる参照するゲノムはドラフトでも使える。リ…

プライマーがどれだけユニークか調べるwebツール GenomeTester 1.3

GenomeTester 1.3はプライマーペアの結合サイトをゲノム全体から調べて、どれだけの断片が増幅されるのか予測するツール。データベース化されたヒトゲノムといくつかのモデル真核生物ゲノムで使用できる。 webサーバー http://bioinfo.ebc.ee/genometester/ …

SVPVで構造変化の予測結果を可視化して比較する

SVPVは 構造変化の検出結果のvcfファイルを読み込んで、異なる構造変化の検出ツールでの解析結果を比較できるツール。特定の条件でフィルタリングすることが可能になっている。GUIのアプリでも提供されている。 オーサーらが作成したSVの解説wiki https://gi…

バクテリアの保存されたgene clusterを探し、結果をビジュアル表示する Gecko3

Gecko3は複数ゲノムを比較して、保存された遺伝子クラスターを検出する方法論。ユーザーが指定した特定の遺伝子群について関連のある遺伝子や遺伝子クラスターを検索することができるSTRINGなどのデータベースと異なり、Gecko3は調べたい生物群の全遺伝子を…

数百から数千のバクテリアゲノムの同時比較を行うHarvest

Harvestは数百、数千のバクテリアのゲノム比較を高速に実行する方法論。同じ種のほぼ同一なゲノムの比較を対象としている。labo-strainのような非常に似ているがわずかに変異が出現したような株同士のマルチプルアライメントを行い、バリアントの出現パター…

deep sequenceされたウィルスのアセンブルツール sparNA

sparNAはウィルスゲノムのアセンブリツール。ウィルスゲノムはRNA ploplymeraseのエラー率の高さなどの要因でhetero genesityが非常に高いため、特別な仕分け方をしない限りpopulation genomeやmeta genomeのデータセットに近い状態でシーケンス解析が行われ…

BRIGを使いゲノムを比較する

BRIG(BLAST Ring Image Generator)はゲノム比較のためのツール。blast(blastn、blastp、blastxなど選択可能)を行い、ホモロジー解析結果をリング状の図に出力することができる。ゲノムサイズは20Mまで対応しているらしい。javaのGUIプログラムなので、ja…

Bandageを使いアセンブルのgraphを可視化する

bandageはde novo assemblerのfastgファイルを入力として、graphパスを描画してくれるソフトウエア。アセンブルを支援するツールとして2015年に論文が発表された。 追記: カバレッジでグラフを書くコマンドを追加。 インストール 公式サイト 公式サイトからd…

メタゲノムデータをbinningして種を予測するMBBC

MBBCはメタゲノムをbinningする方法論。リード中のk-mer頻度とk-merカバレッジから分類とabundanceの見積もりを行う。2015年に論文が発表された。 マニュアル http://eecs.ucf.edu/~xiaoman/MBBC/man1V1.html ダウンロード ラン GUIバージョンとターミナルで…

DNA解析ソフトに近い機能を提供するwebツール集 SMS

SMSは、NGSの登場よりずっと以前から使われているDNA/プロテインの編集や変換ができるツール集である。昔からあるDNA解析ソフトの大半の機能をカバーしている。webサーバー版とオフラインで動くローカル版がある。いずれもhtmlベースで動作する(内部でjava…

メタゲノムデータをbinningして出力可能なGUIアプリ VizBin

VizBinはメタゲノムデータをレファレンスに依存せずにbinnigする手法。5-merの配列 をオリゴヌクレオチドの頻度として計算し、其の頻度からアセンブルデータを分類する。最終的に2次元のPCAプロットとしてビジュアル化してくれる。どこからどこまでを1つの…

ゲノム比較のmurasakiと結果を表示するGMV

murasakiは複数ゲノムの相同性ある領域の探索を高速に行うツールで、GMVはその比較結果を見るためのビューアソフトである。領域によってカラフルな色がつくので、ゲノムリアレンジメントなどの構造変化をわかりやすく示すことができる。 公式サイト murasaki…

ゲノム比較 x 変異コール x ビューア を統合したソフト Mauve

mauveはよく似たゲノムのアライメントを行い、その結果を見やすいビューアで表示して比較できるソフトである。Mac、windows、Linux版が用意されており、無償でダウンロードできる。 ダウンロードは公式サイトから行う。 the Darling lab | computational (me…