macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

GFF

タブ区切りゲノムポジションファイルにindexをつけて素早く問い合わせる tabix

コマンドラインやゲノムビューアで局所的なゲノム特徴を調べる場合、指定された領域に重なる特徴を検索するインターバルクエリを頻繁に実行する必要がある。インターバルクエリを数回しか行わない場合には、データファイル全体を読み込むこともできるし、イ…

GFF3を正確にソートする GFF3sort

HTML5とJavaScriptに基づく強力なゲノムブラウザとして、JBrowseは2009年にリリースされて以来広く使用されている[ref.1、2]。その構成ドキュメント[ref.3]によると、まず組み込みスクリプト「flatfile-to-json.pl」によってGFF3ファイル形式のゲノムアノテ…

GFF3のツールキット GFF3toolkit

i5k Workspace @ NAL (HP) でサポートされているGFF3toolkit(https://github.com/NAL-i5K/GFF3toolkit)は、節足動物ゲノムプロジェクトとその研究コミュニティからのGFF3形式の遺伝子アノテーションを処理するためのツールスイートを提供する。 遺伝子アノ…

GFF ファイルのユーティリティ Gffread

2019 10/15 誤字修正 2020 7/27 help更新 2020 8/14 コマンド追記 多くのバイオインフォマティクスプログラムは、遺伝子および転写産物をGFF形式(General Feature Format)で表し、ゲノム上の遺伝子および転写産物の特徴(染色体またはscaffolds/contigs)…

GTFとGFFフォーマット

2019 10/15追記 2020 10/13 リンク削除 GTF(General Transfer Format))はgeneのアノテーション専用のフォーマットと定義されている。それに対してGFF(General Feature Format)はtranscriptなどにも使えるよりジェネラルなフォーマットとなっている。この…