macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

EM algorithm

ロングリードRNA seqの転写産物レベルのリードカウントとスプライシングアイソフォーム検出を行う LIQA

2021 1/28 カテゴリ追加、タイトル修正 ロングリードRNAシーケンシング(RNA-seq)技術により、転写産物全長の配列決定が可能となり、従来のショートリードRNA-seqよりもアイソフォーム特異的な遺伝子発現の探索が容易になった。しかし、ロングリードRNA-seq…

転写産物レベルで正確なリードカウントを行う RSEM

2021 1/9 タイトル修正 2021 1/15 コマンドと説明追記 RNA-Seqは転写産物の量を測定する方法に革命を起こしている。RNA-Seqデータからのトランスクリプトの定量における重要な課題は、複数の遺伝子やアイソフォームにマップされたリードの取り扱いである。こ…