macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

AAI

バクテリアゲノムの比較ゲノム解析を行うwebサービス EDGAR

Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteriaより 次世代シークエンシングアプローチの展開により、完全にシークエンシングされたゲノムの数は急速に増加している。その結果、単一ゲノムだけでなく、関連する大規模なゲノム群を比較的に解析する…

Average amino acid identity(AAI)を計算する CompareM

2020 10/5 追記 2020 10/9 修正 CompareMは大規模な比較ゲノム解析をサポートするソフトウェアツールキットである。ゲノムのセット(アミノ酸の同一性など)と個々のゲノム(コドン使用率など)の統計を提供する。数千ゲノムへのスケーラビリティを可能にす…

入力プロテオームから類似したタンパク質のデータベースを自動検索し、プロテオームから近い種を調べる AAI-profiler

全ゲノムショットガンシーケンスは、分類学的分類の再評価を推進し、シングルセルゲノミクスの出現は生物多様性に関する知識を大きく広げている(1)。これらすべての応用分野において、分類学的分類に関するオリジナルの文献を検索するよりも、配列データを直…

Kostabl labのANIやAAIを計算するwebツール (enveomicsコレクションの一部)

ゲノムおよびメタゲノム解析は、生物学的研究のいくつかの分野でますます一般的になってきているが、頻繁に繰り返される特殊な分析は、論文のpublish後にはほとんど利用できないin-houseスクリプトとして報告されている。著者らは、微生物ゲノミクスおよびメ…