macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2020

(metagenomeのbinned.faから)鉄関連の遺伝子を探す FeGenie

鉄は地球上のほぼすべての生命にとっての微量栄養素である。鉄は、鉄酸化および鉄還元微生物による電子供与体および電子受容体として使用でき、光合成および呼吸を含むさまざまな生物学的プロセスで使用される。鉄は地球の地殻で4番目に豊富な金属だが、鉄は…

(メタゲノムの)アセンブリグラフから環状plasmid配列を出力する SCAPP

メタゲノムシーケンスは、多くの新しい細菌ゲノムシーケンスの識別とアセンブリをもたらした。 これらのバクテリアはしばしばプラスミドを含んでおり、それはあまり研究も理解もされていない。 これらのプラスミドの研究を支援するために、SCAPP(Sequence C…

(断片化した)バクテリアゲノムアセンブリを比較して遺伝子の有無を調べる GenAPI

2020 7/29 論文追記 細菌クローン間の遺伝子レパートリーの違いを見つけることは、病原性、抗生物質耐性、および代謝能力などの表現型の違いの遺伝的根拠を理解するために重要である。また、遺伝子の有無に関する情報を含む系統解析は、細菌集団において遺伝…

パンゲノム解析を行う PEPPA

2020 5/24 インストール手順修正、ヘルプ更新 細菌ゲノムは、広範な相同組換え、水平遺伝子導入、遺伝子損失、遺伝子重複などの複雑な進化の歴史によって形作られている。細菌ゲノムの定義されたセット内のすべての遺伝子で構成されるパンゲノムは、系統学的…

パスウェイデータベース PathBank

2020 2/11 誤字修正 パスウェイマップは、分子生物学のロードマップである。ロードマップが村、町、都市間のつながりを示すように、パスウェイマップは遺伝子、タンパク質、代謝産物間のつながりを示す。よく描かれたパスウェイマップは、複雑な分子プロセス…

エラーの多いロングリードのエラー修正とアセンブリを行う NECAT

2020 2/7 パラメータエラー修正 2020 2/8 わかりにくい表現を修正 2020 3/12 わかりにくい説明を修正 ナノポアのロングリードはde novoゲノムアセンブリで有利だが、ゲノム研究への適用は、これらロングリードの複雑なエラーによって依然として妨げられてい…

シミュレーション精度と速度が改善された DeepSimulator1.5

2020 2/1 タイトル追加、文章追加、誤字修正 2020 2/2 誤字修正 2020 3/9 コマンド修正 ナノポアシーケンスは、主要な第3世代シーケンステクノロジーの1つである。 Nanoporeデータの処理と分析を容易にするために、多くの計算ツールが開発された。以前、Deep…

ONT cDNA ロングリードのエラー修正を行うisONcorrect

ロングリードを使用したトランスクリプトームシーケンスは、細胞の転写ランドスケープを理解するための強力な方法であることが証明されている(Wyman et al、n.d .; Bayega et al、2018; Byrne、Cole、et al、2019)。ロングリードテクノロジーにより、ほと…

URMAP

2020 1/19 コマンドの誤り修正 2020 1/20 twitter追記 2020 6/25 論文追記、リンク切れ更新 次世代シーケンシングにより、ヒト機能ゲノミクス(Morozova and Marra、2008)から微生物メタゲノミクス(Gilbert and Dupont、2011)までの分野で劇的な進歩が可…

普遍的な single-copy proteinsに基づいてバクテリアとアーキアを分類するGenome Taxonomy Database (GTDB) とその分類ツール GTDB-Tk

2019 10/28 誤字修正、コメント追加 2019 11/5 誤字修正、捕捉追加 2019 11/6 追記 2020 2/21 インストールコマンド修正 2020 3/4 ツイート追加 2020 4/21 インストールの説明を修正 2020 8/23 補足 2020 9/9 KBase補足、論文リンク追加 Preprintより 過去数…

包括的なメタゲノム解析パイプライン ATLAS

2019 10/26関連ツール追加 2019 10/26 インストール手順修正 2019 10/29 同上 2019 10/29 コメント追加 2020 6/28 論文とツイート追記、実行手順は確認中 メタゲノミクスおよびメタトランスクリプトミクス研究は、多様な環境からの微生物集団の組成および機…

(植物など)ゲノムアセンブリとアノテーションのクオリティを分析するwebサーバー GenomeQC

2020 3/3 論文追記 過去数十年にわたって、Genlisea aureaの63 Mb [ref.1]からPinus taedaの22 Gb [ref.2]までのサイズの多数の植物ゲノムアセンブリが生成された。このようなプロジェクトから生成されたゲノムリソースは、改良された作物品種の開発に貢献し…

ヒトゲノムを扱えるハイパフォーマンスなロングリードアセンブラ Shasta

2020 3/14 動画追加 2020 9/30 論文引用追加 ロングリードシーケンシング技術からヒトゲノムアセンブリを作成する現在のワークフローは、大きなコホートへの効率的な拡大を妨げるコストおよび生産時間のボトルネックを有している。著者らは11のヒトゲノム用…

ヒトとマウスの様々なアライナー用indexをダウンロードできる Refgenie

2019 8/15 リンク追記 2020 1/30論文追記 2020 8/28 実行例を一部修正 リファレンスゲノムの構築とキュレーションに多大な努力が注がれている (ref.1–5)。これらのリファレンスアセンブリは結果を比較するための共通の表現を提供し、それらはシーケンスアラ…

アセンブリ過程でロングリードをフィルタリングする fpa

2020 4/23 論文追記 以前、ロングリードのアセンブリ前処理ツール yacrdを紹介した。 今回はアセンブリ過程でフィルタリングして出力を調節するfpaを紹介する。 以下のフィルタリングが行える (Githubより)。 internal match containment dovetails self mat…

アセンブリの前処理としてロングリードのキメラ領域(低オーバーラップ領域)を除く yacrd

2019 コマンドの誤り修正 2020 3/30 バージョンによるコマンドの違いを記載 2020 3/31 version0.6.0のコマンドを一番下に追記 2020 4/23 論文追記 第三世代DNAシーケンシング法(PacBio、オックスフォードナノポア)は、リファレンスゲノムの構築(デノボア…

ロングリードのメタゲノムのアセンブリを行う metaFlye

2019 5/28 誤字修正 2019 8/20 誤字修正 2020 9/23 help更新 2020 10/6 論文引用追加 (Pacific BiosciencesまたはOxford Nanoporeシーケンサーによって生成された)一分子ロングシーケンシングリードによる細菌ゲノムアセンブリは、ショートシーケンシング…

rRNAを使ってバクテリアのゲノム構造を調べる Socru

2020 2/1 ツイートリンク追加 2020 7/2 論文追記 バクテリアゲノムは構造的リアレンジメントを受けることができるダイナミックな実体(entities)である。これらのリアレンジメントは、リボソームrRNAオペロンおよびファージを含むリピート配列周辺で相同組…

アセンブリの構造的誤りが疑われる部位をコールする NucBreak

2020 3/3 論文引用 ゲノムシーケンシング技術全体の進歩により、近年ゲノム配列が決定された生物数が大幅に増加している。これは、広範な生物の比較ゲノム解析を行う機会を提供している。分析結果は、使用されたゲノムアセンブリの品質に大きく依存する。ア…

構造変化のリードアライメント状況やゲノム比較結果を可視化する Ribbon

2020 8/9 論文追記 Visualizationは、現在のゲノム革命において、バリアント、発現パターン、進化による変化、および他の多くの関係を検査し、理解するために非常に重要な役割を果たす(Preprint ref.1~3)。しかし、構造変化可視化時のリードとリファレンス…

構造多型部位のマッピング状況を出力する samplot

2020 9/26 Preprint引用、condaによるインストールコマンド、help追記 構造変異(SV)検出において、視覚的な検証は偽陽性を排除するために不可欠なステップである。著者らは、ショートリード、ロングリード、フェーズドリードを含む、複数のサンプルやシー…