2013
追記9/5；ソフト名や使い方を勘違いしておりましたので修正します。 環境サンプル中の種の多様性を評価する手法として16S rRNA遺伝子を特異的に増幅する手法がよく知られているが、種によっては配列の異なるrRNA遺伝子を複数持つことがある。ここにPCR増幅の…
2019 6/11 追記 ゲノムアセンブリ構築の利点を得ることを妨げる課題の中には、未完成のアセンブリおよびその後の実験的な費用の両方がある。第一に、ゲノムデノボアセンブリのための多数のソフトウェアソリューションが利用可能であり、それぞれがその長所と…
illumina-utilsはpythonで記述されたilluminaのシーケンスデータのユーティリティツール。オーバーラップしたペアリードのmergeやクオリティフィルタリングを行うことができる。 インストール Github sudo pip install illumina-utils 実行方法 raw fastqのd…
2018 9/27 引用の誤り修正 2020 4/13 インストール手順とヘルプ追記, タイトル修正 2020 4/14 インストール手順修正 2020 5/27 タイトル修正 種のパンゲノムとは、その種のすべての個体に見られるすべての遺伝子とノンコーディング配列の集合体と定義される…
2019 2/15 動画とbiocondaによる install追加 2020 7/6 コメントとhelp追加 2021 10/9 gzip fastqのオプション追記、12/5 chimera出力について追記 2024/02/20 情報を整頓 STARは高速なRNAのアライメントツール。intron-exonのsplit-alingmentに対応している…
2019 4/12 quast-lg追記 QUASTはspadesアセンブラで有名なAlgorithmic Biology Labのチームが発表した、アセンブリの性能や精度を評価するツール。web版とコマンドラインでランするローカル版がある。 QUASTマニュアル ダウンロード http://bioinf.spbau.ru/…
2019 5/8 インストール追記, 11/29 インストール追記 2020 7/12 仮想環境を作ってインストールするように変更, help追記（コメントいただいたstepも修正しました。）。8/11 リンク追加、誤字修正 2023/01/01 追記、diamond 追記 2023/04/15 step2のコマンド…
RACA Reference-assisted assembly を行うツール。解析にはリファレンスとアウトグループが必要である。 論文では、RACAを使いGAGEのゴールデンデータセットをアセンブルしたデータや、Tibetan antelope（ウシ科のチルー）のアセンブルデータが使われている…
2019 7/28 condaインストール追記 PBSIMはPacbioリードのシミュレーションを行うツール。ユーザーの持っているPacbioデータをもとにリードの長さやクオリティをシミュレートすることもできるため、実際の解析に適用しやすい。 インストール GitHub - pfaucon…
