macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

結果の視覚化 (visualization)

Linnean分類システムのランクに応じて分類学の系統を提供する分類学データベース Taxallnomy

あらゆる生物学的データは分類学的データと密接にリンクしており、いくつかのバイオインフォマティクス分析は目的を達成するために分類学的情報に依存している。メタゲノミクス、臨床法医学、その他の分野では、サンプル中に存在する生物を同定し、グループ…

インタラクティブなオンラインの系統樹ツール Interactive Tree Of Life (iTOL) v4

2020 7/2 誤字修正 系統樹は、生物学やその他の科学分野において重要なツールであり、様々なデータタイプのコンテキスト化としても機能している。このことは、このような系統樹を作成するためのツールが頻繁に使われていることからもわかる(MEGA, (ref.2))。…

GO enrichmet解析結果を視覚化する GOplot

オミクスデータの機能分析に利用できる方法が多すぎるにもかかわらず、結果の包括的なまだ詳細な理解を得ることは困難なままになっている。これは主に、この種の情報を視覚化するための公開ツールが不足しているためである。ここでは、グラフィック表示を強…

rRNA配列を探索し、分類、ツリー表示するSILVAのACTサービス

2020 6/19 説明追加 相同配列の解析では、マルチプルシーケンスアラインメント(MSA)の計算がボトルネックになっている。特にリボソームRNA(rRNA)のようなマーカー遺伝子の場合、数百万の配列がすでに公開されており、個々の研究で数十万の新しい配列を簡…

繰り返し配列を分析する RepeatProfiler

2020 7/7 リンクミス修正 モデル生物におけるDNAリピートの研究は、ゲノムの進化や表現型の変化を促進する多くのプロセスにおけるリピートDNAの役割を浮き彫りにしている。反復配列はシングルコピーDNAよりもはるかにダイナミックであるため、進化の遅いゲノ…

ジッタープロットを作成する SinaPlot

データ駆動型サイエンスの最近の発展により、研究者は複数のソースからのデータを、多様な実験手順やデータベース上で統合するようになった。特にデータポイントの数がクラス間で異なる場合、データを正確に可視化する上で大きな課題となっている。サンプル…

ドットプロット図を出力する Flexible Dot Plot

2020 6/3 文章修正 ドットプロットは、異なるサイズと色のドットを用いて2つの定量情報を同時に表示するコンパクトな方法を提供するヒートマップのようなチャートである。この可視化方法は、特にシングルセルRNA-seq研究で人気があるにもかかわらず、ドット…

メタゲノムのビニング後の解析を行う自動化されたパイプライン MetaSanity

2020 5/29 構成を修正、タイトル変更 2020 6/1 コマンド修正 マイクロバイオーム研究の重要性はますます一般的になっており、さまざまな生態系(例:海洋、構築、宿主関連など)を理解するために不可欠である。研究者は、微生物ゲノムの分析のため、高度に再…

ゲノムのリアレンジメントを検出して視覚化する smashpp

2020 5/22 追記 ゲノムのリアレンジメントの研究は、染色体の進化や遺伝的疾患、ガンなどの研究に重要な役割を果たしており、その研究は非常に重要である。本研究では、2つのDNA配列間の小規模・大規模なゲノムリアレンジメントを検出し、可視化するためのア…

ゲノムの中の関心がある遺伝子を視覚化する Gcluster

2020 5/27 コメント追加 2020 5/28 -mオプション追記 遺伝子、遺伝子クラスター、およびその近傍のゲノムコンテクストを比較することは、遺伝子の機能や微生物の進化の基盤を決定する上で非常に重要である。現在のところ、多数のゲノムのゲノムコンテクスト…

インタラクティブな主成分分析webサービスによってRNA seqデータを分析する PCAGO

過去10年の間に、全トランスクリプトームのシークエンス(RNA-Seq)は、多様な分子機構を理解し、様々な生物学的問題に取り組むための強力な技術として浮上してきた。RNA-Seq実験の初期段階では、異なる遺伝子発現レベルに基づいた生物学的サンプルの初期特…

多変量データのクラスタリングと可視化を行うwebサービス ClustVis

2020 4/30 文章修正、タイトル修正 ハイスループット実験の出現により、研究者はしばしば多変量データに直面している。これらは、通常、行列として提示される。この種のデータは様々なソースから得られることがあり、例えば、特定の遺伝的パスウェイを調べる…

(ヒトゲノム)インタラクティブな遺伝子の変異プロットを出力する G3viz

ロリポップダイアグラム は、ガンゲノミクスにおける遺伝子変異のトランスレーショナル効果を可視化し、探索するために広く用いられているグラフィカルな表現の一つである。しかし、使いやすい機能を備えたロリポップダイアグラムツールはまだ不足している。…

(ヒトゲノム)遺伝子の変異プロットを描く Lollipops

2020 4/22 重複した説明を削除 簡潔な可視化は、大量の情報を最小限のスペースで迅速に解釈できるよう提示するために非常に重要である。精密医療における臨床応用は、解釈の時間依存性のため、重要な使用例となっているが、生命科学の分野では可視化の必要性…

バリアントコールのVCFを可視化する VIVA

次世代シーケンシングにより、膨大な量のゲノムデータが生成される。ゲノム情報の量は、研究によって異なる。バリアント検出プロセスでは、さまざまな種類のファイル形式が生成される。シーケンス解析で一般的に使用されるファイル形式の1つは、バリアントコ…

ガン変異のCoMut plotを出力する CoMutPlotter

CoMut plotは、ガン研究のpublicationsで、ガンコホートにおける突然変異の分布を視覚的に要約したものとして広く使用されている。この要約プロットは、遺伝子変異率とサンプルの変異負担を関連する臨床的詳細とともに調べることができ、サンプル間の遺伝子…

VCFファイルを分析するCRANパッケージ vcfR

2020 4/15 コマンド修正, 手持ちのファイルを使う例を追記 一塩基多型や関連する遺伝的変異を呼び出すソフトウェアは、選択された出力フォーマットとしてバリアントコールフォーマット(VCF)に収束してきている。これにより、VCFファイルを扱うツールの必要…

REVIGO

今日のハイスループット実験では、マイクロアレイ、RNA-Seq、またはさまざまなプロテオミクス手法を使用して、数千の遺伝子の発現を同時に測定している。 ChIP-on-chipまたはChIP-Seq実験は、特定のタンパク質のゲノム全体のDNA結合パターンを決定するために…

植物遺伝子のファミリー分類とエンリッチメント解析を行うwebサービス GenFam

ハイスループットシーケンシング(HTS)技術を用いたゲノムスケールの研究では、様々な実験条件で発現が異なる遺伝子のリストが作成されている。これらの遺伝子リストは、下流の機能的遺伝学的解析を導くために、生物学的に関連する遺伝子と関連する機能を絞…

パンゲノムグラフから微生物の多様性を調べる PPanGGOLiN

2020 4/10 引用追加、タイトル修正 機能研究、進化研究、疫学研究のために比較ゲノムを使用するには、与えられた種での発現の観点から遺伝子ファミリーを分類する方法が必要である。これらの方法は、通常、分割や最適なクラス数を推論するための多変量統計モ…

anvi'oを使ってメタゲノム解析を行う

2020 4/22 追記 2020 5/20 コード修正 ハイスループットシーケンシングとオミックス技術の進歩は、自然界に存在する微生物群集の研究に革命をもたらしている。微生物のライフスタイルを包括的に調査するためには、遺伝情報を対話的に整理して可視化し、複雑…

pyGenomeTracks

pyGenomeTracksは、高度にカスタマイズ可能な高品質のゲノムブラウザトラックを作成することを目的としている。Hi-Cデータの他、以下のデータからplotを作成することが可能になっている。 bigwig bed/gtf (many options) bedgraph epilogos narrow peaks lin…

パンゲノムにおいて有意な関連性の遺伝子を検出する Coinfinder

原核生物および真核生物のパンゲノムのアクセサリー遺伝子は、遺伝子水平伝播、loss of gene、および選択の影響により蓄積する。 Coinfinderは、パンゲノム内の相同な遺伝子(遺伝子ファミリー)のセットが偶然に予想されるよりも頻繁に相互に関連または解離…

データをドラッグアンドドロップして素早く作図とデータ分析ができるGUIツール BioVinci

3/330 誤字修正、図を追記 2020 3/31 追記 2020 5/4 v2.0リリース追記 2020 5/12 統合TVのリンク追加 BioVinciのabout usより BioTuringは、若くてモチベーションが高いバイオインフォマティシャンで構成されたチームで、次世代のバイオインフォマティクス…

ゲノムから周期的なリピート配列を検出する SPADE

周期的に繰り返されるDNAやタンパク質要素は、ゲノムの進化、遺伝子制御、タンパク質複合体の形成、免疫を含む様々な重要な生物学的事象に関与している。特筆すべきは、現在使用されているZFNs、TALENs、CRISPRsなどのゲノム編集ツールも、すべて天然の生物…

公開されている真核生物アセンブリを分析する BlobToolKit

2020 6/15 追記 種の起源について不可知なシーケンスデバイスによって作成されたシーケンシングデータから標的ゲノムを再構築する場合、汚染された DNA によって混同される可能性がある。サンプル処理中に混入した場合でも、標的DNAとの共抽出によって混入し…

単離バクテリアゲノムのアセンブリ、アノテーション、比較ゲノム解析を行う高度に自動化されたパイプライン ASA3P

2020 3/22 ツイート、関連ツールリンク追記 2020 3/25 コメント追記 2020 3/26 誤字修正 2020 5/12 インストール追記 1977年に、DNAシーケンスがフレデリックサンガーによってサイエンスコミュニティに導入された[ref.1]。それ以来、DNAシーケンスは、ジデオ…

WGSのリードから倍数体ゲノムのゲノムサイズやヘテロ接合度を推定する GenomeScope 2.0

2020 3/21 コマンドの修正と結果追記、タイトル修正、誤字修正 2020 3/23 誤字修正 ゲノムシーケンシングは、現代の分子生物学の不可欠な部分となっている。ただし、利用可能な分析方法の大半は、染色体レベルのリファレンスゲノムと詳細なアノテーションが…

(small eukaryotes)ゲノムアセンブリがchromosome levelに達しているかどうかを評価する Tapestry

ゲノムには、複製、転座、大きな逆位、倍数性変異などの複雑な機能が含まれている可能性があり、アセンブリやアセンブリの検証が困難になる場合がある。John Daveyが開発したTapestryと呼ばれるツールを使用すると、小さく、ほぼ完全な真核生物ゲノム(50 Mb…

時系列データなどの連続データを視覚化するwebサービス PlotTwist

2020 3/13 誤字修正、補足説明追加 要約だけでなく、個々の測定からの実際のデータを表示することで、実験結果の理解が深まり、より完全な全体像が得られることは長年にわたって強調されてきた[ref.1-3]。これは、ダイナミクスを研究するための時間依存デー…