macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

次世代リードの分析ツール

fastq / fastaの操作ツール seqkit

2016年に発表されたfastqの操作ツール。競合ツールより多機能とされる。seqtkと同様、動作は非常に早い。メモリ使用量はseqtkより少ないとされる。 マニュアル Usage - SeqKit - Ultrafast FASTA/Q kit チュートリアル Tutorial - SeqKit - Ultrafast FASTA/…

ナノポアリードの分析ツール

2017年現在、すでにOXford nanoporeの分析ツールは色々発表されている。いくつかインストールとして実際に使ってみた結果を紹介する。 NanoOK インストール マニュアルページ https://documentation.tgac.ac.uk/display/NANOOK/NanoOK+tutorial 本体以外に必…