macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

次世代リードのアライメント

Oxford Nanoporeリードのマッピング

bwa memとLASTがナノポア向けにチューニングされたとナノポア公式ページでアナウンスされている。 https://nanoporetech.com/publications/bwa-and-last-have-been-tuned-work-nanopore-reads bwa memはショートリード時代から1Mbpのリードのマッピングに対…

マッピングソフト(アライナー)のパラメータ設定

日付は古いが、Biostarsにアライナー比較のディスカッションがあった。 When and why is bwa aln better then bwa mem? 質問はbwa alnの優位点は何かということみたいだが、回答者がエボラゲノムをシミュレートして10%の高いエラー率で配列を合成し、そのゲ…