macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

次世代リードのアライメント

mrsFAST-Ultraでアライメントを行う

mrsFAST-UltraはSNPに対応した次世代リードのアライメントツール。 mrsFASTの改良版となる。既知SNPsを許容しながら(ミスマッチとして扱わないためidentityが上がる)アライメントを行うことができる。indexファイルの軽量化にも成功しており、bowtie2でind…

NanoBLASTer でナノポアリードをアライメントする

NanoBLASTer はナノポア用のアライメントツール。S. cerevisiaeとEscherichia coliのゲノムリシーケンス解析で、LAST、BLAST、 BWA-MEM、GraphMap よりアライメント率が高く、ランニングタイムも短かったと主張されている。 ダウンロード Github https://git…

qplotでマッピングを評価する

qplotはマッピング結果の統計情報を出力したり、empiricalなクオリティスコアとマッピング結果から求めたベースクオリティスコアの差などをグラフ化したPDFを出力することができる(既知SNPsファイルが必要)。クオリティの低い塩基(バーコードとか)が残っ…

コード領域のアミノ酸配列を考えてマルチプルアライメントを行うMUCSE

塩基配列からコード領域のアミノ酸配列を予測してマルチプルアライメントを行う場合、従来はギャップやミスを補正せず全ての配列をアミノ酸に変換してアライメントを行なっていた。しかしこのような一義的に変換する方法だと、シーケンスエラーや擬遺伝子のs…

多機能なNGSの管理ツール BBtools 其の1

BBtoolsはアメリカのJGIが提供している多機能なNGS向けの解析ツール。2014年にオープンソース化されたらしい。論文は現在準備中とある。アライメントのBBmapや、オーバーラップがないペアリードをマージするBBMerge、エラーコレクションしたfastqを出力するB…

RNA seqの高速なリードアライメントツール STAR

STARは高速なRNAのアライメントツール。intron-exonのsplit-alingmentに対応している。動作はbowtie2より10倍以上高速とされ、マッピング感度の高さとエラー率の低さは既存のツールと同等とされている。 github https://github.com/alexdobin/STAR マニュ…

Oxford Nanoporeリードのマッピング

bwa memとLASTがナノポア向けにチューニングされたとナノポア公式ページでアナウンスされている。 https://nanoporetech.com/publications/bwa-and-last-have-been-tuned-work-nanopore-reads bwa memはショートリード時代から1Mbpのリードのマッピングに対…

マッピングソフト(アライナー)のパラメータ設定

日付は古いが、Biostarsにアライナー比較のディスカッションがあった。 When and why is bwa aln better then bwa mem? 質問はbwa alnの優位点は何かということみたいだが、回答者がエボラゲノムをシミュレートして10%の高いエラー率で配列を合成し、そのゲ…