macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

描画ツール

SVPVで構造変化の予測結果を可視化して比較する

SVPVは 構造変化の検出結果のvcfファイルを読み込んで、異なる構造変化の検出ツールでの解析結果を比較できるツール。特定の条件でフィルタリングすることが可能になっている。GUIのアプリでも提供されている。 オーサーらが作成したSVの解説wiki https://gi…

バクテリアの保存されたgene clusterを探し、結果をビジュアル表示する Gecko3

Gecko3は複数ゲノムを比較して、保存された遺伝子クラスターを検出する方法論。ユーザーが指定した特定の遺伝子群について関連のある遺伝子や遺伝子クラスターを検索することができるSTRINGなどのデータベースと異なり、Gecko3は調べたい生物群の全遺伝子を…

バクテリアのPan genome解析ツール FRIPAN

公式ページ http://www.vicbioinformatics.com/software.fripan.shtml インストール Github https://github.com/drpowell/FriPan brew install npm #npmがない人だけgit clone https://github.com/drpowell/FriPancd FriPannpm installmake compile ラン 公…

htmlベースでDGEリストからベン図を作成できるVennt

Venntは共通するDGEを図示するのによく使われるベン図を簡単に描画してくれるhtmlベースのツール。 公式ページ http://drpowell.github.io/vennt/ インストール Github https://github.com/drpowell/vennt brew install npm #npmがない人だけnpm install -g …

webベースでRNA seqのDGE解析などができるDegust

Degustはweb上でRNA seq解析を行うことができるツール。DGE解析などを主眼においている。リードカウントデータ(CSVファイル)をアップロードするだけで使うことができる。 簡単な説説明 Degust by David R. Powell Github https://github.com/drpowell/degus…

数百から数千のバクテリアゲノムの同時比較を行うHarvest

Harvestは数百、数千のバクテリアのゲノム比較を高速に実行する方法論。同じ種のほぼ同一なゲノムの比較を対象としている。labo-strainのような非常に似ているがわずかに変異が出現したような株同士のマルチプルアライメントを行い、バリアントの出現パター…

ナノポアのロングリードの長さやクオリティを分析するnanostatとNanoPlot

ショートリード用のクオリティ分析ツールはナノポアのロングリードでは機能しないので、専用のツールが必要である。nanostatとNanoPlotはWouter De CosterさんがGithubで公開しているナノポアのロングリード分析ツール。クオリティや長さの分布を調べる時の…

BRIGを使いゲノムを比較する

BRIG(BLAST Ring Image Generator)はゲノム比較のためのツール。blast(blastn、blastp、blastxなど選択可能)を行い、ホモロジー解析結果をリング状の図に出力することができる。ゲノムサイズは20Mまで対応しているらしい。javaのGUIプログラムなので、ja…

BlobToolsでcontigのカバレッジ、GC、taxonomy情報をグラフ化する。

アセンブルで作られたcontigの中には、アセンブラのアーティファクトやコンタミ由来のcontigが混じることはよくある。そのため、アセンブリのクオリティチェックの一つにターゲットとなる生物以外の配列がどれほど混じっているか見積もることが重要になる。B…

Bandageを使いアセンブルのgraphを可視化する

bandageはde novo assemblerのfastgファイルを入力として、graphパスを描画してくれるソフトウエア。アセンブルを支援するツールとして2015年に論文が発表された。 追記: カバレッジでグラフを書くコマンドを追加。 インストール 公式サイト 公式サイトからd…

メタゲノムの自動解析パイプライン MyCC

MyCCは全プロセスを自動化したメタゲノム解析ツール。contigのfastaファイルを入力すると、配列の特性に従って自動で分類し、binning向けに色がついた図を描画し、さらにクラスタリングされたfastaまで出力することができる。既存のカバレッジやペアリードの…

メタゲノムデータをbinningして出力可能なGUIアプリ VizBin

VizBinはメタゲノムデータをレファレンスに依存せずにbinnigする手法。5-merの配列 をオリゴヌクレオチドの頻度として計算し、其の頻度からアセンブルデータを分類する。最終的に2次元のPCAプロットとしてビジュアル化してくれる。どこからどこまでを1つの…

DNA解析ソフト1 Snapgene

SnapGeneはプラスミドやゲノムの解析ソフトである。ビジュアルで見やすく表示する機能に特化しており、制限酵素処理結果を画面で見やすく表示したり、TA cloningやgibson、in fuisionなどの反応結果を表示し設計を支援する機能などを持つ。 SnapGeneはアノテ…

ゲノム比較のmurasakiと結果を表示するGMV

murasakiは複数ゲノムの相同性ある領域の探索を高速に行うツールで、GMVはその比較結果を見るためのビューアソフトである。領域によってカラフルな色がつくので、ゲノムリアレンジメントなどの構造変化をわかりやすく示すことができる。 公式サイト murasaki…

ゲノム比較 x 変異コール x ビューア を統合したソフト Mauve

mauveはよく似たゲノムのアライメントを行い、その結果を見やすいビューアで表示して比較できるソフトである。Mac、windows、Linux版が用意されており、無償でダウンロードできる。 ダウンロードは公式サイトから行う。 the Darling lab | computational (me…

CGView Comparison Toolによるバクテリアのゲノム比較 インストール編

CGView Comparison ToolはStothardの研究グループが公開しているバクテリアやプラスミドのゲノム比較ツール(以下CCT)である。複数ゲノムを比較して描画する機能を持つ。以下のような美しい図が簡単なコマンド指定だけで描ける。 比較ゲノム結果をビジュア…

CIRCOS トレーニング2

バクテリアのアセンブルデータをCIRCOSで描画してみる。 最初に、ゲノムサイズが小さいのでメモリのサイズを小さくする必要がある。main.confファイルの中のchromosomes_unitsを10万に変更。 chromosomes_units = 100000 main.confファイルの内容は以下の通…

CIRCOS トレーニング

circosは多様な機能を備えたゲノムのビジュアル化ツールである。類似ソフトにDNA plotter、genome diagram、snap geneなどがあるが、機能の豊富さではcircosが抜きん出てる。circos独自の機能として、遺伝子の相関や相同性を線で表現してlinkageを表す機能が…