macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

モチーフ

TMHMMで膜貫通領域を予測する

TMHMMは膜貫通領域を予測するツール。膜タンパク質であるかどうかの判定にも用いられる。 webサーバー版 http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/ マニュアル 解凍したディレクトリにユーザーガイド(TMHMM2.0.html)あり。 TMHMM2.0 インストール 依存 perl …

HMMERでタンパク質ドメインを検索する

HMMERはタンパク質のドメイン検索に使われるツール。Pfamなどのタンパク質ドメインのデータベースを使い、ドメインの検索を行ってアノテーションをつけることができる。ここではhmmscanを試す。 webサーバー https://www.ebi.ac.uk/Tools/hmmer/ マニュアル …

signalPでシグナルペプチド切断部位を予測する

SignalPは、タンパク質のシグナル配列の切断部位を予測するツール。商用の解析ソフトCLCにも導入されている。 web server版とローカル版がある。 signalIP4.1 webサーバー http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/ web server版は統合TVを参考にしてくださ…