macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

プロモーター配列

bedtoolsでpromoter配列を抽出する。

Biostarとbedtoolsの公式サイトに、bedtoolsを使ったpromoter配列の抽出の仕方がまとめられている(How To Use Bedtools To Extract Promoters From A Mouse Bed File)。試してみる。 このようなbedファイルの各featureの上流を抽出する。 user$ head -5 ge…